1999-ից 2007 թվականներին Փերվեզ Մուշարաֆի նախագահությունը նշանավորեց առաջին անգամ, երբ ազատական ​​ուժերը նշանակալի իշխանություն ունեցան Պակիստանում:Տնտեսական ազատականացման, սեփականաշնորհման և ԶԼՄ-ների ազատության նախաձեռնություններ են ներդրվել, որոնց արդյունքում Citibank-ի գործադիր Շաուկաթ Ազիզը վերահսկում է տնտեսությունը:Մուշարաֆի կառավարությունը համաներում շնորհեց լիբերալ կուսակցությունների քաղաքական աշխատողներին՝ մի կողմ թողնելով պահպանողականներին և ձախերին:Մուշարաֆը զգալիորեն ընդլայնեց մասնավոր լրատվամիջոցները՝ նպատակ ունենալով հակազդել Հնդկաստանի մշակութային ազդեցությանը։Գերագույն դատարանը հրամայեց համընդհանուր ընտրություններ անցկացնել մինչև 2002թ. հոկտեմբերին, և Մուշարաֆը հավանություն տվեց ԱՄՆ-ի ներխուժմանը Աֆղանստան 2001թ.-ին: Քաշմիրի շուրջ Հնդկաստանի հետ լարվածությունը հանգեցրեց ռազմական բախման 2002թ.-ին:Մուշարաֆի 2002 թվականի հանրաքվեն, որը համարվում էր վիճահարույց, երկարաձգեց նրա նախագահական ժամկետը։2002 թվականի համընդհանուր ընտրությունները տեսան, որ լիբերալներն ու կենտրոնամետները մեծամասնություն են ստացել՝ Մուշարաֆի աջակցությամբ կառավարություն ձևավորելով:Պակիստանի Սահմանադրության 17-րդ փոփոխությունը հետադարձ ուժով օրինականացրեց Մուշարաֆի գործողությունները և երկարաձգեց նրա նախագահության ժամկետը:Շաուկաթ Ազիզը վարչապետ դարձավ 2004 թվականին՝ կենտրոնանալով տնտեսական աճի վրա, սակայն դիմակայելով սոցիալական բարեփոխումների հակադրությանը:Մուշարաֆը և Ազիզը վերապրել են մի քանի մահափորձեր՝ կապված Ալ-Քաիդայի հետ:Միջազգային մակարդակով միջուկային զենքի տարածման մասին պնդումները արատավորեցին դրանց վստահությունը:Ներքին մարտահրավերները ներառում էին հակամարտությունները ցեղային շրջաններում և զինադադարը թալիբների հետ 2006 թվականին, թեև աղանդավորական բռնությունը շարունակվում էր: