1999 թվականին Պակիստանում տեղի ունեցավ անարյուն ռազմական հեղաշրջում, որը գլխավորում էր գեներալ Փերվեզ Մուշարաֆը և Միացյալ շտաբի շտաբի զինվորականները:Հոկտեմբերի 12-ին նրանք վերահսկողությունը խլեցին վարչապետ Նավազ Շարիֆի քաղաքացիական կառավարությունից։Երկու օր անց Մուշարաֆը, որպես գործադիրի ղեկավար, հակասականորեն կասեցրեց Պակիստանի Սահմանադրությունը:Հեղաշրջումը պայմանավորված էր Շարիֆի վարչակազմի և զինվորականների, մասնավորապես գեներալ Մուշարաֆի հետ լարվածության սրմամբ:Մուշարաֆին բանակի պետի պաշտոնում գեներալ-լեյտենանտ Զիաուդդին Բաթով փոխարինելու Շարիֆի փորձը հանդիպեց բարձրաստիճան զինվորականների դիմադրությանը և բերեց Բաթին կալանավորելու:Հեղաշրջման իրականացումը արագ էր.17 ժամվա ընթացքում զինվորական հրամանատարները գրավել են կառավարական հիմնական հաստատությունները՝ Շարիֆին և նրա վարչակազմին, այդ թվում՝ եղբորը, տնային կալանքի տակ դնելով։Զինվորականները նաև վերահսկողության տակ են վերցրել կապի կարևոր ենթակառուցվածքները:Պակիստանի Գերագույն դատարանը՝ գլխավոր դատավոր Իրշադ Հասան Խանի գլխավորությամբ, վավերացրել է ռազմական դրությունը «անհրաժեշտության դոկտրինի» ներքո, սակայն դրա տևողությունը սահմանափակել է երեք տարով:Շարիֆը դատվել և դատապարտվել է Մուշարաֆ տեղափոխող ինքնաթիռում կյանքը վտանգի ենթարկելու համար, ինչը հակասությունների տեղիք է տվել:2000 թվականի դեկտեմբերին Մուշարաֆը անսպասելիորեն ներում շնորհեց Շարիֆին, որն այնուհետև թռավ Սաուդյան Արաբիա:2001 թվականին Մուշարաֆը նախագահ դարձավ նախագահ Ռաֆիկ Տարարին ստիպելով հրաժարական տալ։2002 թվականի ապրիլին անցկացված ազգային հանրաքվեն, որը շատերի կողմից քննադատվեց որպես կեղծիք, երկարաձգեց Մուշարաֆի իշխանությունը:2002 թվականի համընդհանուր ընտրությունները տեսան վերադարձ դեպի ժողովրդավարություն, երբ Մուշարաֆի PML(Q) կուսակցությունը ձևավորեց փոքրամասնության կառավարություն: