1991-1995 թվականների Բոսնիական պատերազմի և Խորվաթիայի պատերազմի ժամանակ Չեռնոգորիան իր ոստիկանական և ռազմական ուժերով մասնակցել է Դուբրովնիկի, Խորվաթիայի և բոսնիական քաղաքների վրա սերբական զորքերի հարձակումներին, ագրեսիվ գործողություններ՝ ուղղված ուժով ավելի շատ տարածքներ ձեռք բերելուն, որը բնութագրվում է հետևողական օրինակով։ մարդու իրավունքների կոպիտ և համակարգված խախտումներ։Մոնտենեգրոյի գեներալ Պավլե Ստրուգարը դրանից հետո դատապարտվել է Դուբրովնիկի ռմբակոծության մեջ իր մասնակցության համար:Բոսնիացի փախստականները ձերբակալվել են Մոնտենեգրոյի ոստիկանության կողմից և տեղափոխվել Ֆոչայի սերբական ճամբարներ, որտեղ նրանք ենթարկվել են համակարգված խոշտանգումների և մահապատժի ենթարկվել:1992թ. մայիսին Միավորված ազգերի կազմակերպությունը էմբարգո կիրառեց FRY-ի նկատմամբ. դա ազդեց երկրի կյանքի բազմաթիվ ասպեկտների վրա:Շնորհիվ իր բարենպաստ աշխարհագրական դիրքի (մուտք դեպի Ադրիատիկ ծով և ջրային կապ դեպի Ալբանիա Սկադար լճով) Չեռնոգորիան դարձավ մաքսանենգության գործունեության կենտրոն:Չեռնոգորիայի ամբողջ արդյունաբերական արտադրությունը կանգ էր առել, և հանրապետության հիմնական տնտեսական գործունեությունը դարձավ օգտագործվող ապրանքների մաքսանենգությունը, հատկապես այն ապրանքների մաքսանենգությունը, ինչպիսիք են բենզինը և ծխախոտը, որոնք երկուսն էլ թանկացան:Դա դարձավ փաստացի օրինականացված պրակտիկա և շարունակվեց տարիներ շարունակ։Լավագույն դեպքում Չեռնոգորիայի կառավարությունը աչք փակեց անօրինական գործունեության վրա, բայց հիմնականում ակտիվ մասնակցություն ունեցավ դրան։Մաքսանենգությունը միլիոնատերեր դարձրեց ամենատարբեր ստվերային անհատներից, այդ թվում՝ պետական ​​բարձրաստիճան պաշտոնյաներից:Միլո Ջուկանովիչը շարունակում է բախվել իտալական տարբեր դատարաններում 1990-ականներին համատարած մաքսանենգության մեջ իր դերի և իտալական մաֆիայի տարբեր գործիչների համար Չեռնոգորիայում ապահով ապաստարան ապահովելու հետ կապված, որոնք նույնպես իբր մասնակցել են մաքսանենգության բաշխման շղթային: