1511 թվականին Մալական ընկավ պորտուգալացիների ձեռքը, և սուլթան Մահմուդ Շահը ստիպված եղավ փախչել Մալակայից:Սուլթանը մի քանի փորձ արեց վերադարձնել մայրաքաղաքը, սակայն նրա ջանքերն անարդյունք էին։Պորտուգալացիները հակադարձեցին և սուլթանին ստիպեցին փախչել Պահանգ։Ավելի ուշ սուլթանը նավով մեկնեց Բինտան և այնտեղ հիմնեց նոր մայրաքաղաք։Ստեղծելով բազա՝ սուլթանը համախմբեց մալայական խարխլված ուժերին և մի քանի հարձակումներ ու շրջափակումներ կազմակերպեց պորտուգալական դիրքերի դեմ։Հիմք ընդունելով Պեկան Տուա, Սունգայ Թելուր, Ջոհոր, Ջոհոր սուլթանությունը հիմնադրվել է Ռաջա Ալի Իբնի սուլթան Մահմուդ Մելակայի կողմից, որը հայտնի է որպես սուլթան Ալաուդդին Ռիայաթ Շահ II (1528–1564), 1528 թվականին ^[53] Չնայած սուլթան Ալաուդդին Ռայաթ Շահը և նրա իրավահաջորդը։ ստիպված էին դիմակայել պորտուգալացիների հարձակումներին Մալակկայում և աչենների կողմից Սումատրայում, նրանք կարողացան պահպանել իրենց տիրապետությունը Ջոհոր սուլթանության վրա:Մալաքայի վրա հաճախակի արշավանքները պորտուգալացիներին ծանր դժվարություններ պատճառեցին, և դա օգնեց համոզել պորտուգալացիներին ոչնչացնել աքսորված սուլթանի զորքերը:Մի շարք փորձեր արվեցին ճնշելու մալայացիներին, բայց միայն 1526 թվականին պորտուգալացիները վերջնականապես հավասարեցրին Բինտանին գետնին:Այնուհետեւ սուլթանը նահանջեց Սումատրայի Կամպար եւ երկու տարի անց մահացավ:Նա թողել է երկու որդի՝ Մուզաֆար Շահին և Ալաուդդին Ռիայաթ Շահ II-ին։^[53] Մուզաֆար Շահը շարունակեց հիմնել Փերակը, մինչդեռ Ալաուդդին Ռիայաթ Շահը դարձավ Ջոհորի առաջին սուլթանը:^[53]