Մալաքյան դինաստիայի վերջին սուլթանը՝ սուլթան Մահմուդ Շահ II-ը, հայտնի էր իր անկանոն պահվածքով, որը մեծ մասամբ անզուսպ մնաց Բենդեհարա Հաբիբի մահից և Բենդահարա Աբդուլ Ջալիլի նշանակումից հետո։Այս պահվածքը գագաթնակետին հասավ նրանով, որ սուլթանը հրամայեց մահապատժի ենթարկել ազնվականի հղի կնոջը աննշան խախտման համար:Ի պատասխան վրեժի, սուլթանը սպանվեց տուժող ազնվականի կողմից՝ թողնելով գահը թափուր 1699 թվականին: Սուլթանի խորհրդական Օրանգ Կայասը դիմեց Սա Աքար ԴիՌաջային՝ Մուարի Ռաջա Թեմենգգոնգին, որն առաջարկեց Բենդահարա Աբդուլ Ջալիլին ժառանգել գահը:Այնուամենայնիվ, իրավահաջորդությունը հանդիպեց որոշակի դժգոհության, մասնավորապես, Orang Laut-ի կողմից:Անկայունության այս ժամանակահատվածում Ջոհորում երկու գերիշխող խմբեր՝ Բուգիսները և Մինանգկաբաուն, տեսան իշխանությունը տիրապետելու հնարավորություն:Մինանգկաբաուն ներկայացրեց Ռաջա Կեսիլին՝ արքայազնին, որը պնդում էր, թե սուլթան Մահմուդ II-ի հետմահու որդին է:Հարստության և իշխանության խոստումով Բուգիները սկզբում աջակցում էին Ռաջա Կեսիլին:Այնուամենայնիվ, Ռաջա Կեսիլը դավաճանեց նրանց և առանց նրանց համաձայնության թագադրեց իրեն Ջոհորի սուլթան, ինչի հետևանքով նախորդ սուլթան Աբդուլ Ջալիլ IV-ը փախավ և ի վերջո սպանվեց:Ի պատասխան՝ Բուգիները միացան ուժերը Ռաջա Սուլեյմանի՝ սուլթան Աբդուլ Ջալիլ IV-ի որդու հետ, ինչը հանգեցրեց Ռաջա Կեսիլի գահընկեցմանը 1722 թվականին:Սուլթան Սուլեյման Բադրուլ Ալամ Շահի օրոք՝ 18-րդ դարի կեսերին, Բուգիները նշանակալի վերահսկողություն էին իրականացնում Ջոհորի վարչակազմի վրա։Նրանց ազդեցությունն այնքան մեծացավ, որ մինչև 1760 թվականը Բուգիսների տարբեր ընտանիքներ ամուսնացան Ջոհորի թագավորական տոհմի հետ՝ ավելի ամրապնդելով իրենց գերիշխանությունը:Նրանց ղեկավարությամբ Ջոհորը տնտեսական աճ ապրեց՝ ուժեղացված չինացի թրեյդերների ինտեգրմամբ:Այնուամենայնիվ, 18-րդ դարի վերջին Temenggong խմբակցությունից Engkau Muda-ն սկսեց վերականգնել իշխանությունը՝ հիմք դնելով սուլթանության ապագա բարգավաճմանը Թեմենգգոնգ Աբդուլ Ռահմանի և նրա ժառանգների առաջնորդությամբ: