Հույները Պելոպոնեսում մնացին մինչև 1460 թվականը, և վենետիկցիներն ու ջենովացիները կառչեցին որոշ կղզիներից, բայց 16-րդ դարի սկզբին ամբողջ մայրցամաքային Հունաստանը և Էգեյան ծովի կղզիների մեծ մասը գաղութացվեցին Օսմանյան կայսրության կողմից՝ բացառելով դեռևս մի քանի նավահանգստային քաղաքները։ վենետիկցիների կողմից (նրանցից գլխավորը՝ Նաֆպլիոն, Մոնեմվասիան, Պարգան և Մեթոնը)։Կիկլադյան կղզիները, որոնք գտնվում են Էգեյան ծովի կեսին, պաշտոնապես միացվել են օսմանցիներին 1579 թվականին, թեև 1530-ական թվականներից նրանք գտնվում էին վասալների կարգավիճակում:Կիպրոսն ընկավ 1571 թվականին, և վենետիկցիները պահպանեցին Կրետեն մինչև 1669 թվականը: Հոնիական կղզիները երբեք չեն կառավարվել օսմանցիների կողմից, բացառությամբ Կեֆալոնիայի (1479-ից 1481 թվականներին և 1485-ից 1500 թվականներին), և մնացին Վենետիկի Հանրապետության տիրապետության ներքո: .Հենց Հոնիական կղզիներում է ծնվել ժամանակակից հունական պետականությունը՝ 1800 թվականին Յոթ կղզիների Հանրապետության ստեղծմամբ։Օսմանյան Հունաստանը բազմազգ հասարակություն էր:Սակայն մուլտիկուլտուրալիզմի ժամանակակից արևմտյան հասկացությունը, թեև առաջին հայացքից թվում է, որ համապատասխանում է միլլեթների համակարգին, սակայն անհամատեղելի է համարվում օսմանյան համակարգի հետ։Հույներին մի կողմից տրվեցին որոշ արտոնություններ և ազատություն.մյուսների հետ նրանք ենթարկվում էին բռնակալության, որը բխում էր նրա վարչական անձնակազմի սխալ գործելակերպից, որի վրա կենտրոնական իշխանությունը միայն հեռահար և թերի վերահսկողություն ուներ:Երբ օսմանցիները ժամանեցին, երկու հունական գաղթ կատարվեց։Առաջին գաղթը հանգեցրեց հույն մտավորականության գաղթին Արևմտյան Եվրոպա և ազդելով Վերածննդի դարաշրջանի վրա:Երկրորդ գաղթը հանգեցրեց նրան, որ հույները լքեցին հունական թերակղզու հարթավայրերը և վերաբնակեցվեցին լեռներում:Միլլեթի համակարգը նպաստեց ուղղափառ հույների էթնիկ համախմբմանը` Օսմանյան կայսրությունում տարբեր ժողովուրդներին բաժանելով կրոնի հիման վրա:Օսմանյան տիրապետության ժամանակ հարթավայրերում ապրող հույները կամ քրիստոնյաներ էին, ովքեր զբաղվում էին օտար տիրապետության բեռով, կամ ծպտյալ քրիստոնյաներ (հույն մահմեդականներ, որոնք հույն ուղղափառ հավատքի գաղտնի կիրառողներ էին):Որոշ հույներ դարձան ծպտյալ քրիստոնյաներ՝ խուսափելու ծանր հարկերից և միևնույն ժամանակ արտահայտելու իրենց ինքնությունը՝ պահպանելով իրենց կապերը Հույն ուղղափառ եկեղեցու հետ:Այնուամենայնիվ, այն հույները, ովքեր իսլամ են ընդունել և ծպտյալ քրիստոնյա չեն եղել, ուղղափառ հույների աչքում համարվում են «թուրքեր» (մահմեդականներ), նույնիսկ եթե նրանք չեն ընդունել թուրքերենը:Օսմանցիները կառավարում էին Հունաստանի մեծ մասը մինչև 19-րդ դարի սկիզբը։Միջնադարից ի վեր առաջին ինքնակառավարվող հելլենական պետությունը ստեղծվել է Ֆրանսիական հեղափոխական պատերազմների ժամանակ՝ 1800 թվականին՝ մայրցամաքային Հունաստանում հունական հեղափոխության բռնկումից 21 տարի առաջ։Դա Յոթանասունական Հանրապետությունն էր՝ Կորֆու մայրաքաղաքով։