16-րդ դարասկզբին՝ 1517 թվականին Եգիպտոսի օսմանյան նվաճումից հետո, սուլթան Սելիմ I-ը Եգիպտոսի կառավարիչ նշանակեց Յունուս փաշային, սակայն շուտով նրան փոխարինեց Հայիր բեյը՝ կոռուպցիոն խնդիրների պատճառով։^[97] Այս ժամանակաշրջանը նշանավորեց իշխանության համար պայքար օսմանյան ներկայացուցիչների ևմամլուքների միջև, որոնք պահպանեցին զգալի ազդեցությունը։Մամլուքները ներառվել են վարչական կառուցվածքում՝ առանցքային պաշտոններ զբաղեցնելով Եգիպտոսի 12 սանջակներում։Սուլթան Սուլեյման Մեծի օրոք ստեղծվեցին Մեծ Դիվանը և Փոքր Դիվանը՝ փաշային օգնելու համար՝ բանակի և կրոնական իշխանությունների ներկայացուցչությամբ:Սելիմը Եգիպտոսի պաշտպանության համար հիմնեց վեց գունդ, որոնց Սուլեյմանը ավելացրեց յոթերորդը:^[98]Օսմանյան վարչակազմը հաճախ փոխում էր Եգիպտոսի նահանգապետին, հաճախ ամեն տարի:Նահանգապետներից մեկը՝ Հայն Ահմեդ փաշան, փորձեց անկախություն հաստատել, սակայն խափանվեց և մահապատժի ենթարկվեց։^[98] 1527 թվականին Եգիպտոսում հողային հետազոտություն անցկացվեց՝ հողերը դասակարգելով չորս տեսակի՝ սուլթանի տիրույթ, ֆիդեր, ռազմական սպասարկման հողեր և կրոնական հիմնադրամների հողեր։Այս հարցումն իրականացվել է 1605 թվականին ^{[98 ։]}17-րդ դարը Եգիպտոսում բնութագրվում էր ռազմական ապստամբություններով և հակամարտություններով, որոնք հաճախ պայմանավորված էին զորքերի կողմից շորթումները զսպելու փորձերով։1609 թվականին զգալի հակամարտությունը հանգեցրեց Կարա Մեհմեդ փաշայի հաղթական մուտքին Կահիրե, որին հաջորդեցին ֆինանսական բարեփոխումները։^[98] Այս ընթացքում տեղի Մամլուք բեկերը գերակայություն ձեռք բերեցին Եգիպտոսի վարչակազմում, հաճախ զբաղեցնելով զինվորական պաշտոններ և մարտահրավեր նետելով օսմանցիների կողմից նշանակված կառավարիչներին։^[99] Եգիպտական ​​բանակը, ուժեղ տեղական կապերով, հաճախ ազդել է կառավարիչների նշանակման վրա և էական վերահսկողություն ուներ վարչակազմի վրա։^[100]Դարը նաև տեսավ Եգիպտոսում երկու ազդեցիկ խմբավորումների առաջացումը՝ Ֆաքարիները, որոնք կապված էին օսմանյան հեծելազորի հետ, և Քասիմիները, որոնք կապված էին բնիկ եգիպտական ​​զորքերի հետ:Այս խմբակցությունները, որոնք խորհրդանշվում էին իրենց հստակ գույներով և խորհրդանիշներով, զգալիորեն ազդեցին Օսմանյան Եգիպտոսի կառավարման և քաղաքականության վրա:^[101]