Քենեդու վարչակազմը շարունակեց ուղիներ որոնել Կաստրոյին հեռացնելու համար Խոզերի ծովածոց ներխուժումից հետո՝ փորձարկելով Կուբայի կառավարության տապալումը գաղտնի օժանդակելու տարբեր եղանակներ:Զգալի հույսեր էին կապվում ահաբեկչական հարձակումների և այլ ապակայունացման գործողությունների ծրագրի հետ, որը հայտնի է որպես «Մանգուստ» օպերացիա, որը մշակվել էր 1961թ. Քենեդու վարչակազմի օրոք: Խրուշչովը նախագծի մասին իմացավ 1962թ. փետրվարին, և ի պատասխան ձեռնարկվեցին Կուբայում խորհրդային միջուկային հրթիռներ տեղադրելու նախապատրաստական ​​աշխատանքները:Տագնապած Քենեդին դիտարկեց տարբեր արձագանքներ։Կուբայում միջուկային հրթիռների տեղադրմանը նա ի վերջո պատասխանեց ծովային շրջափակմամբ և վերջնագիր ներկայացրեց Խորհրդային Միությանը :Խրուշչովը նահանջեց առճակատումից, իսկ Խորհրդային Միությունը հանեց հրթիռները՝ ի պատասխան Կուբա կրկին չներխուժելու ամերիկյան հրապարակային խոստման, ինչպես նաև Թուրքիայից ամերիկյան հրթիռները հեռացնելու գաղտնի գործարքի։Ավելի ուշ Կաստրոն խոստովանեց, որ «ես կհամաձայնեի միջուկային զենքի կիրառմանը... մենք ընդունում էինք, որ այն ամեն դեպքում կդառնա միջուկային պատերազմ, և որ մենք անհետանալու ենք»:Կուբայի հրթիռային ճգնաժամը (1962թ. հոկտեմբեր-նոյեմբեր) աշխարհն ավելի մոտեցրեց միջուկային պատերազմին, քան երբևէ:Ճգնաժամի հետևանքները հանգեցրին միջուկային սպառազինությունների մրցավազքում միջուկային զինաթափման և հարաբերությունների բարելավման առաջին ջանքերին, թեև Սառը պատերազմի սպառազինությունների վերահսկման առաջին համաձայնագիրը՝ Անտարկտիդայի պայմանագիրը, ուժի մեջ էր մտել 1961 թվականին:1964 թվականին Խրուշչովի Կրեմլի գործընկերներին հաջողվեց նրան հեռացնել, բայց թույլ տվեցին խաղաղ թոշակի անցնել։Մեղադրվելով կոպտության և ոչ կոմպետենտության մեջ՝ Ջոն Լյուիս Գադիսը պնդում է, որ Խրուշչովին վերագրվում էր նաև սովետական ​​գյուղատնտեսության կործանումը, աշխարհը հասցնելով միջուկային պատերազմի շեմին, և որ Խրուշչովը «միջազգային խայտառակություն» էր դարձել, երբ թույլ տվեց Բեռլինի պատի կառուցումը: