Građanski rat između dinastija Lê-Trịnh i Mạc završio je 1592. godine, kada je vojska Trịnh Tùnga osvojila Hanoi i pogubila kralja Mạc Mậu Hợpa.Preživjeli iz kraljevske obitelji Mạc pobjegli su u sjeverne planine u pokrajini Cao Bằng i tamo nastavili vladati do 1677. kada je Trịnh Tạc osvojio ovo posljednje Mạc područje.Monarsi Lê, od restauracije Nguyễn Kima, djelovali su samo kao figura.Nakon pada dinastije Mạc, sva stvarna vlast na sjeveru pripala je gospodarima Trịnh.U međuvremenu, Ming dvor nevoljko je odlučio o vojnoj intervenciji u vijetnamskom građanskom ratu, ali Mạc Đăng Dung ponudio je ritualno podvrgavanje Ming carstvu , što je prihvaćeno.Godine 1600. Nguyễn Hoàng se također proglasio Gospodarom (službeno "Vương") i odbio je poslati više novca ili vojnika u pomoć Trịnhu.Također je preselio svoju prijestolnicu u Phú Xuân, današnji Huế.Trịnh Tráng naslijedio je Trịnh Tùnga, svog oca, nakon njegove smrti 1623. Tráng je naredio Nguyễn Phúc Nguyênu da se pokori njegovoj vlasti.Narudžba je odbijena dva puta.Godine 1627. Trịnh Tráng je poslao 150 000 vojnika na jug u neuspješnoj vojnoj kampanji.Trịnh je bio mnogo jači, s većom populacijom, gospodarstvom i vojskom, ali nisu uspjeli poraziti Nguyễn, koji je izgradio dva obrambena kamena zida i uložio u portugalsko topništvo.Rat Trịnh–Nguyễn trajao je od 1627. do 1672. Trịnh vojska je pokrenula najmanje sedam ofenziva, od kojih nijedna nije uspjela zauzeti Phú Xuân.Neko su vrijeme, počevši od 1651., sami Nguyễn krenuli u ofenzivu i napadali dijelove teritorija Trịnha.Međutim, Trịnh, pod novim vođom, Trịnh Tạcom, natjerao je Nguyễn nazad do 1655. Nakon jedne posljednje ofenzive 1672., Trịnh Tạc je pristao na primirje s lordom Nguyễna Nguyễn Phúc Tầnom.Zemlja je zapravo bila podijeljena na dva dijela.Rat Trịnh–Nguyễn dao je europskim trgovcima priliku da podrže obje strane oružjem i tehnologijom: Portugalci su pomogli Nguyễn na jugu, dok su Nizozemci pomogli Trịnh na sjeveru.Trịnh i Nguyễn održavali su relativni mir sljedećih sto godina, tijekom kojih su obje strane postigle značajna postignuća.Trịnh je stvorio centralizirane vladine urede zadužene za državni proračun i proizvodnju valute, ujedinio jedinice težine u decimalni sustav, uspostavio tiskare kako bi se smanjila potreba za uvozom tiskanih materijala iz Kine, otvorio vojnu akademiju i sastavljao povijesne knjige.U međuvremenu, gospodari Nguyễn nastavili su širenje prema jugu osvajanjem preostale zemlje Cham.Việt doseljenici također su stigli u rijetko naseljeno područje poznato kao "Water Chenla", koje je bilo dio donje delte Mekonga bivšeg kmerskog carstva .Između sredine 17. stoljeća i sredine 18. stoljeća, dok je nekadašnje kmersko carstvo bilo oslabljeno unutarnjim sukobima i sijamskim invazijama, gospodari Nguyễn koristili su se različitim sredstvima, političkim brakovima, diplomatskim pritiskom, političkim i vojnim uslugama, kako bi dobili područje oko današnjeg -dan Saigon i delta Mekonga.Vojska Nguyễn povremeno se također sukobljavala sa sijamskom vojskom kako bi uspostavila utjecaj na bivše kmersko carstvo.