Godine 1965., suočen s eskalacijom napetosti i kako bi spriječio daljnje sukobe, malezijski premijer Tunku Abdul Rahman predložio je izbacivanje Singapura iz Malezije .Ovu je preporuku naknadno odobrio malezijski parlament 9. kolovoza 1965., jednoglasnim glasovanjem za odvajanje Singapura.Istog dana, emotivni Lee Kuan Yew, singapurski premijer, najavio je novostečenu neovisnost grada-države.Suprotno uvriježenom uvjerenju da je Singapur jednostrano izbačen, nedavni dokumenti otkrivaju da su razgovori između Stranke narodne akcije (PAP) Singapura i malezijskog Saveza trajali od srpnja 1964. Lee Kuan Yew i Goh Keng Swee, viši čelnik PAP-a, orkestrirali su razdvajanje na način koji ga je javnosti prikazao kao neopozivu odluku, s ciljem političke i ekonomske koristi.^[16]Nakon odvajanja, Singapur je doživio ustavne amandmane kojima je grad-država pretvoren u Republiku Singapur.Yusof Ishak, prethodno Yang di-Pertuan Negara ili viceregalni predstavnik, inauguriran je kao prvi predsjednik Singapura.Dok su malajski i britanski dolar Borneo nastavili biti zakonska valuta u kratkom razdoblju, rasprave o zajedničkoj valuti između Singapura i Malezije vođene su prije konačnog uvođenja singapurskog dolara 1967. ^[17] U Maleziji su parlamentarna mjesta ranije bila od strane Singapura premještene su u Malaju, što je promijenilo ravnotežu moći i utjecaja država Sabah i Sarawak.Odluka o odvajanju Singapura od Malezije naišla je na oštre reakcije, posebice čelnika u Sabahu i Sarawaku.Ti su čelnici izrazili osjećaje izdaje i frustracije jer nisu bili konzultirani tijekom procesa razdvajanja. Glavni ministar Sabaha, Fuad Stephens, izrazio je duboku tugu u pismu Lee Kuan Yewu, dok su čelnici poput Ong Kee Huija iz Sarawak Ujedinjene narodne stranke doveli u pitanje sam razlog za postojanje Malezije nakon odvajanja.Unatoč ovim zabrinutostima, zamjenik malezijskog premijera Abdul Razak Hussein branio je odluku, pripisujući tajnovitost i hitnost poteza tekućem sukobu između Indonezije i Malezije.^[18]