Predsjednik Perveza Musharrafa od 1999. do 2007. obilježio je prvi put da su liberalne snage imale značajnu moć u Pakistanu.Uvedene su inicijative za ekonomsku liberalizaciju, privatizaciju i slobodu medija, a izvršni direktor Citibanka Shaukat Aziz preuzeo je kontrolu nad gospodarstvom.Musharrafova vlada amnestirala je političke radnike iz liberalnih stranaka, stavljajući konzervativce i ljevičare na stranu.Musharraf je značajno proširio privatne medije, s ciljem suprotstavljanja kulturnom utjecaju Indije.Vrhovni sud naredio je opće izbore do listopada 2002., a Musharraf je podržao američku invaziju na Afganistan 2001. Napetosti s Indijom oko Kašmira dovele su do vojnog zastoja 2002.Musharrafov referendum 2002., koji se smatra kontroverznim, produžio je njegov predsjednički mandat.Na općim izborima 2002. liberali i centristi su osvojili većinu, formirajući vladu uz Musharrafovu potporu.17. amandman pakistanskog ustava retroaktivno je ozakonio Musharrafove radnje i produžio mu predsjednički mandat.Shaukat Aziz postao je premijer 2004., fokusirajući se na gospodarski rast, ali suočavajući se s protivljenjem socijalnim reformama.Musharraf i Aziz preživjeli su nekoliko pokušaja atentata povezanih s al-Qaidom.Na međunarodnoj razini, optužbe o širenju nuklearnog naoružanja ocrnile su njihovu vjerodostojnost.Domaći izazovi uključivali su sukobe u plemenskim područjima i primirje s talibanima 2006., iako se sektaško nasilje nastavilo.