Godine 1999. Pakistan je doživio vojni udar bez prolivanja krvi koji su vodili general Pervez Musharraf i vojno osoblje u stožeru Združenog stožera.Oni su 12. listopada preuzeli kontrolu od civilne vlade premijera Nawaza Sharifa.Dva dana kasnije, Musharraf je, kao izvršni direktor, kontroverzno suspendirao pakistanski ustav.Puč je bio potaknut eskalacijom napetosti između Sharifove administracije i vojske, posebice s generalom Musharrafom.Sharifov pokušaj da zamijeni Musharrafa general-pukovnikom Ziauddinom Buttom na mjestu zapovjednika vojske naišao je na otpor visokih vojnih dužnosnika i doveo do Buttovog pritvaranja.Izvršenje državnog udara bilo je brzo.U roku od 17 sati, vojni zapovjednici zauzeli su ključne vladine institucije, stavljajući Sharifa i njegovu upravu, uključujući i njegovog brata, u kućni pritvor.Vojska je također preuzela kontrolu nad kritičnom komunikacijskom infrastrukturom.Pakistanski Vrhovni sud, na čelu s glavnim sucem Irshadom Hassanom Khanom, potvrdio je izvanredno stanje prema "doktrini nužnosti", ali je ograničio njegovo trajanje na tri godine.Sharifu je suđeno i osuđen je za ugrožavanje života u zrakoplovu u kojem je bio Musharraf, odluka koja je izazvala kontroverze.U prosincu 2000. Musharraf je neočekivano pomilovao Sharifa, koji je potom odletio u Saudijsku Arabiju.Godine 2001. Musharraf je postao predsjednik nakon što je prisilio predsjednika Rafiqa Tarara da podnese ostavku.Nacionalni referendum u travnju 2002., koji su mnogi kritizirali kao prijevaru, produžio je Musharrafovu vladavinu.Na općim izborima 2002. došlo je do povratka demokracije, a Musharrafov PML(Q) formirao je manjinsku vladu.