U ožujku 2020., usred političkog preokreta, Muhyiddin Yassin imenovan je osmim malezijskim premijerom nakon iznenadne ostavke Mahathira Mohamada.Vodio je novu koalicijsku vladu Perikatan Nasional.Ubrzo nakon preuzimanja dužnosti, pandemija COVID-19 pogodila je Maleziju, što je natjeralo Muhyiddina da u ožujku 2020. provede malezijsku naredbu o kontroli kretanja (MCO) kako bi suzbio njeno širenje.U tom je razdoblju također bivši premijer Najib Razak osuđen zbog optužbi za korupciju u srpnju 2020., što je prvi put da je malezijski premijer suočen s takvom osudom.Godina 2021. donijela je dodatne izazove za Muhyiddinovu administraciju.U siječnju je Yang di-Pertuan Agong proglasio nacionalno izvanredno stanje, prekinuvši parlamentarna zasjedanja i izbore i dopustivši vladi da donosi zakone bez zakonodavnog odobrenja zbog tekuće pandemije i političke nestabilnosti.Unatoč tim izazovima, vlada je u veljači pokrenula nacionalni program cijepljenja protiv COVID-19.Međutim, u ožujku su diplomatski odnosi između Malezije i Sjeverne Koreje prekinuti nakon što je Visoki sud u Kuala Lumpuru odbio žalbu sjevernokorejskog poduzetnika na izručenje SAD-u.Do kolovoza 2021. politička i zdravstvena kriza su se pojačale, a Muhyiddin se suočio sa širokim kritikama zbog vladinog postupanja s pandemijom i gospodarskom krizom.Time je izgubio većinu u parlamentu.Posljedično, Muhyiddin je podnio ostavku na mjesto premijera 16. kolovoza 2021. Nakon ostavke, Yang di-Pertuan Agong imenovao ga je za privremenog premijera dok se ne odabere odgovarajući nasljednik.