Nizozemska Malacca (1641. – 1825.) bilo je najduže razdoblje u kojem je Malacca bila pod stranom kontrolom.Nizozemci su vladali gotovo 183 godine uz povremenu britansku okupaciju tijekom Napoleonovih ratova (1795. – 1815.).Ovo je doba doživjelo relativni mir s malim ozbiljnim prekidima od strane malajskih sultanata zbog dogovora sklopljenog između Nizozemaca i sultanata Johor 1606. Ovo je vrijeme također obilježilo pad važnosti Malacce.Nizozemci su preferirali Bataviju (današnju Jakartu) kao svoje gospodarsko i administrativno središte u regiji, a njihov položaj u Malacci trebao je spriječiti gubitak grada od drugih europskih sila i, posljedično, konkurenciju koja bi došla s tim.Tako je u 17. stoljeću, kada je Malacca prestala biti važna luka, Sultanat Johor postao dominantna lokalna sila u regiji zbog otvaranja svojih luka i saveza s Nizozemcima.