Posljednji sultan malakanske dinastije, sultan Mahmud Šah II., bio je poznat po svom nestalnom ponašanju, koje je uglavnom prošlo neprovjereno nakon smrti Bendehara Habiba i kasnijeg imenovanja Bendahare Abdul Jalila.Ovo ponašanje je kulminiralo kada je sultan naredio pogubljenje trudne supruge jednog plemića zbog manjeg prekršaja.U znak odmazde, oštećeni plemić ubio je sultana, ostavljajući prijestolje upražnjenim 1699. Orang Kayas, sultanovi savjetnici, obratili su se Sa Akaru DiRaji, radži Temenggongu od Muara, koji je predložio da Bendahara Abdul Jalil naslijedi prijestolje.Međutim, nasljeđivanje je naišlo na određeno nezadovoljstvo, osobito od strane Orang Lauta.Tijekom tog razdoblja nestabilnosti, dvije dominantne skupine u Johoru — Bugisi i Minangkabau — vidjele su priliku za preuzimanje moći.Minangkabau je predstavio Raju Kecila, princa koji je tvrdio da je posmrtni sin sultana Mahmuda II.Uz obećanje bogatstva i moći, Bugiji su u početku podržavali Raju Kecila.Međutim, Raja Kecil ih je izdao i okrunio se za sultana od Johora bez njihovog pristanka, zbog čega je prethodni sultan Abdul Jalil IV pobjegao i na kraju bio ubijen.Kao odmazdu, Bugiji su udružili snage s Raja Sulaimanom, sinom sultana Abdula Jalila IV, što je dovelo do svrgavanja Radže Kecila s prijestolja 1722. Dok je Raja Sulaiman postao sultan, na njega su snažno utjecali Bugiji, koji su, zapravo, upravljali Johorom.Tijekom vladavine sultana Sulaimana Badrul Alam Shaha sredinom 18. stoljeća, Bugiji su vršili značajnu kontrolu nad upravom Johora.Njihov je utjecaj toliko porastao da su se do 1760. razne obitelji Bugis vjenčale s kraljevskom lozom Johora, dodatno učvrstivši svoju dominaciju.Pod njihovim vodstvom Johor je doživio gospodarski rast, potaknut integracijom kineskih trgovaca.Međutim, do kraja 18. stoljeća, Engkau Muda iz frakcije Temenggong počeo je vraćati vlast, postavljajući temelje za budući prosperitet sultanata pod vodstvom Temenggong Abdul Rahmana i njegovih potomaka.