Između 1258. i 1291. regija se suočila s nemirima kao granica između mongolskih osvajača , povremeno u savezu s križarima , iMameluka izEgipta .Ovaj sukob doveo je do značajnog smanjenja stanovništva i ekonomskih poteškoća.Mameluci su većinom bili turskog podrijetla, a kupovani su kao djeca i potom obučavani ratovanju.Bili su vrlo cijenjeni ratnici, koji su vladarima dali neovisnost od domaće aristokracije.U Egiptu su preuzeli kontrolu nad kraljevstvom nakon neuspjele invazije križara (Sedmi križarski rat).Mameluci su preuzeli vlast u Egiptu i proširili svoju vlast na Palestinu.Prvi mamelučki sultan, Qutuz, porazio je Mongole u bitci kod Ain Jaluta, ali ga je ubio Baibars, koji ga je naslijedio i eliminirao većinu križarskih predstraža.Mameluci su vladali Palestinom do 1516., smatrajući je dijelom Sirije.U Hebronu su se Židovi suočili s ograničenjima u Špilji patrijarha, značajnom mjestu u judaizmu, ograničenjem koje je trajalo sve do Šestodnevnog rata.^[146]Al-Ashraf Khalil, mamelučki sultan, zauzeo je posljednje uporište križara 1291. Mameluci su, nastavljajući politiku Ayyubida, strateški uništili obalna područja od Tira do Gaze kako bi spriječili potencijalne napade križara s mora.Ova devastacija dovela je do dugotrajne depopulacije i gospodarskog pada ovih područja.^[147]Židovska zajednica u Palestini doživjela je pomlađivanje s priljevom sefardskih Židova nakon njihovog protjerivanja izŠpanjolske 1492. i progona u Portugalu 1497. Pod mamelučkom i kasnije osmanskom vlašću, ti sefardski Židovi uglavnom su se naselili u urbanim područjima poput Safeda i Jeruzalema, za razliku od uglavnom ruralna židovska zajednica Musta'arbi.^[148]