U kasnom 11. stoljeću, dinastija Khwarazmian preuzela je kontrolu nad Irakom.Ovo razdoblje turske svjetovne vladavine i abasidskog kalifata završilo je mongolskim invazijama u 13. stoljeću.^[51] Mongoli, predvođeni Džingis-kanom, osvojili su Khwarezmiju do 1221. Međutim, Irak je doživio privremeni zastoj zbog Džingis-kanove smrti 1227. i kasnijih borbi za vlast unutar Mongolskog Carstva.Möngke Khan, od 1251., ponovno je pokrenuo mongolsku ekspanziju, a kada je kalif al-Mustasim odbio mongolske zahtjeve, Bagdad se suočio s opsadom koju je vodio Hulagu Khan 1258.Opsada Bagdada, ključni događaj u mongolskim osvajanjima, trajala je 13 dana od 29. siječnja do 10. veljače 1258. Mongolske snage Ilkhanate , zajedno sa svojim saveznicima, opsjele su, zauzele i na kraju opljačkale Bagdad, glavni grad Abasidskog kalifata u to vrijeme .Ova opsada rezultirala je masakrom većine stanovnika grada, potencijalno brojeći stotine tisuća.Razmjeri uništenja gradskih knjižnica i njihovih vrijednih sadržaja i dalje su tema rasprava među povjesničarima.Mongolske snage su pogubile Al-Musta'sima i nanijele ozbiljnu depopulaciju i razaranje Bagdada.Ova opsada simbolično je označila kraj islamskog zlatnog doba, razdoblja tijekom kojeg su kalifi proširili svoju vlast s Pirenejskog poluotoka na Sindh.