Početkom 16. stoljeća, nakon osmanskog osvajanja Egipta 1517., sultan Selim I. imenovao je Yunus-pašu za guvernera Egipta, ali ga je ubrzo zamijenio Hayır Bey zbog problema s korupcijom.^[97] Ovo je razdoblje obilježilo borbu za vlast između osmanskih predstavnika iMameluka , koji su zadržali značajan utjecaj.Mameluci su bili uključeni u administrativnu strukturu, držeći ključne položaje u 12 sandžaka Egipta.Pod sultanom Sulejmanom Veličanstvenim, Veliki i Mali divan su uspostavljeni da pomažu paši, uz predstavnike vojske i vjerskih vlasti.Selim je uspostavio šest pukovnija za zaštitu Egipta, kojima je Sulejman dodao sedmu.^[98]Osmanska uprava često je mijenjala egipatskog guvernera, često svake godine.Jedan namjesnik, Hain Ahmed-paša, pokušao je uspostaviti neovisnost, ali je spriječen i pogubljen.^[98] Godine 1527. u Egiptu je provedeno istraživanje zemljišta, kategorizirajući zemlju u četiri vrste: sultanovo područje, feude, vojno zemljište za održavanje i vjersko zakladno zemljište.Ovo istraživanje provedeno je 1605. ^[98]17. stoljeće u Egiptu obilježeno je vojnim pobunama i sukobima, često zbog pokušaja obuzdavanja iznuđivanja od strane trupa.Godine 1609. značajan sukob doveo je do trijumfalnog ulaska Kara Mehmed-paše u Kairo, nakon čega su uslijedile financijske reforme.^[98] Tijekom tog vremena, lokalni mamelučki begovi stekli su dominaciju u egipatskoj administraciji, često držeći vojne položaje i izazivajući osmanske namjesnike.^[99] Egipatska vojska, s jakim lokalnim vezama, često je utjecala na imenovanje namjesnika i imala značajnu kontrolu nad upravom.^[100]U stoljeću su se također pojavile dvije utjecajne frakcije u Egiptu: Faqari, povezani s osmanskom konjicom, i Qasimi, povezani s domaćim egipatskim trupama.Ove frakcije, simbolizirane svojim različitim bojama i simbolima, značajno su utjecale na upravljanje i politiku Osmanskog Egipta.^[101]