Španjolci su podijelili Kaliforniju na dva dijela, Baja California i Alta California, kao pokrajine Nove Španjolske (Meksiko).Baja ili donja Kalifornija sastojala se od poluotoka Baja i završavala otprilike u San Diegu u Kaliforniji, gdje je počela Alta California.Istočne i sjeverne granice Alta Kalifornije bile su vrlo neodređene, jer su Španjolci, unatoč nedostatku fizičke prisutnosti i naselja, polagali pravo na sve u onome što je sada zapad Sjedinjenih Država.Prvu stalnu misiju u Donjoj Kaliforniji, Misión de Nuestra Señora de Loreto Conchó, osnovao je 15. listopada 1697. isusovački svećenik Juan Maria Salvatierra (1648. – 1717.) u pratnji posade jednog malog čamca i šest vojnika.Nakon uspostave misija u Alta Kaliforniji nakon 1769., Španjolci su Donju Kaliforniju i Alta Kaliforniju, poznatu kao Las Californias, tretirali kao jedinstvenu administrativnu jedinicu s Montereyem kao glavnim gradom, koja je potpadala pod jurisdikciju Potkraljevstva Nove Španjolske sa sjedištem u Meksiku Grad.Gotovo sve misije u Donjoj Kaliforniji osnovali su članovi isusovačkog reda uz podršku nekoliko vojnika.Nakon spora oko vlasti između Karla III od Španjolske i isusovaca, isusovački su fakulteti zatvoreni, a isusovci protjerani iz Meksika i Južne Amerike 1767. i deportirani natrag u Španjolsku.Nakon nasilnog protjerivanja isusovačkog reda, većinu misija preuzimaju franjevci, a kasnije i dominikanci.Obje ove skupine bile su pod mnogo izravnijom kontrolom španjolske monarhije.Ova reorganizacija ostavila je mnoge misije napuštene u Sonori Meksiku i Donjoj Kaliforniji.Zabrinutost zbog upada britanskih i ruskih trgovaca u španjolske kolonije u Kaliforniji potaknula je proširenje franjevačkih misija na Alta California, kao i prezidija.