Grci iz klasičnog razdoblja vjerovali su da je, u mračnom dobu koje je uslijedilo nakon kolapsa mikenske civilizacije, značajan broj Grka pobjegao i emigrirao u Malu Aziju i tamo se nastanio.Ti su doseljenici bili iz triju plemenskih skupina: Eoljana, Doraca i Jonjana.Jonjani su se naselili oko obala Lidije i Karije, osnovavši dvanaest gradova koji su činili Joniju.Gradovi Jonije ostali su neovisni sve dok ih nisu osvojili Lidijci iz zapadne Male Azije.Perzijski princ Kir poveo je pobunu protiv posljednjeg medijskog kralja Astijaga 553. pr. Kr.Dok se borio protiv Lidijaca, Kir je poslao poruke Jonjanima tražeći od njih da se pobune protiv vladavine Lidije, što su Jonjani odbili učiniti.Nakon što je Kir završio s osvajanjem Lidije, jonski su se gradovi ponudili da budu njegovi podanici pod istim uvjetima kao što su bili Krezovi podanici.Kir je to odbio, navodeći kao razlog nespremnost Jonjana da mu ranije pomognu.Jonjani su se tako pripremili za obranu, a Kir je poslao medijskog vojskovođu Harpaga da ih pokori.U godinama nakon osvajanja, Perzijancima je bilo teško vladati Jonjanima.Perzijanci su se tako zadovoljili sponzoriranjem tiranina u svakom jonskom gradu, iako ih je to uvuklo u unutarnje sukobe Jonjana.Uoči grčko-perzijskih ratova vjerojatno je jonsko stanovništvo postalo nezadovoljno i spremno na pobunu.