Kada je Histijej čuo za pad Mileta, čini se da je sebe postavio za vođu otpora protiv Perzije .Krenuvši iz Bizanta sa svojom silom Lezbijki, doplovio je do Hiosa.Kijani su ga odbili primiti, pa je napao i uništio ostatke čianske flote.Osakaćeni zbog dva poraza na moru, Kijanci su tada pristali na Histijejevo vodstvo.Histijej je sada okupio veliku silu Jonjana i Eoljana i otišao opsjedati Thasos.Međutim, tada je primio vijest da perzijska flota kreće iz Mileta kako bi napala ostatak Jonije, pa se brzo vratio na Lezbos.Kako bi prehranio svoju vojsku, vodio je pohode u potrazi za hranom na kopno u blizini Atarneusa i Myusa.Velike perzijske snage pod Harpagom bile su u tom području i na kraju su presrele jednu ekspediciju traženja hrane u blizini Malene.Bitka koja je uslijedila bila je teška, ali je okončana uspješnim perzijskim konjičkim napadom, koji je uništio grčku liniju.Histijej se sam predao Perzijancima, misleći da će se moći nagovoriti na oprost od Darija.Međutim, umjesto toga odveden je Artafernu, koji ga je, potpuno svjestan Histijejeve prošle izdaje, nabio na kolac, a potom njegovu balzamiranu glavu poslao Dariju.Perzijska flota i vojska prezimile su u Miletu, prije nego što su krenule 493. g. pr. n. e. kako bi konačno ugasile posljednji žar pobune.Napali su i zauzeli otoke Chios, Lesbos i Tenedos.Na svakom su napravili 'ljudsku mrežu' od trupa i počistili cijeli otok kako bi istjerali sve skrivene pobunjenike.Zatim su se preselili na kopno i zauzeli svaki od preostalih gradova Jonije, na sličan način tražeći sve preostale pobunjenike.Iako su gradovi Jonije nedvojbeno stradali nakon toga, čini se da nijedan nije doživio sudbinu Mileta.Herodot kaže da su Perzijanci birali najljepše dječake iz svakog grada i kastrirali ih, a birali najljepše djevojke i slali ih u kraljev harem, a zatim spaljivali hramove gradova.Iako je to moguće točno, Herodot također vjerojatno preuveličava razmjere razaranja. U nekoliko godina, gradovi su se više-manje vratili u normalu i mogli su opremiti veliku flotu za drugu perzijsku invaziju na Grčku, samo 13. godinama kasnije.Perzijska vojska zatim je ponovno osvojila naselja na azijskoj strani Propontide, dok je perzijska flota plovila uz europsku obalu Helesponta, zauzimajući redom svako naselje.Budući da je cijela Mala Azija sada čvrsto vraćena pod perzijsku vlast, ustanak je konačno završen.