Šemjaka je vladao neučinkovito, nije uspio privući saveznike, a plemstvo je počelo bježati iz Moskve u Vologdu.Vasilij se također uspio udružiti s kazanskim Tatarima.Krajem 1446., kada je Dmitrij Šemjaka bio u Volokolamsku, vojska Vasilija II ušla je u Moskvu.Vasily je tada počeo loviti Shemyaka.Godine 1447. zatražili su mir i pristali prihvatiti Vasilijevu nadmoć.Ipak, Dmitrij Šemjaka je nastavio otpor, pokušavajući privući saveznike i prikupiti dovoljno veliku vojsku za borbu protiv Vasilija.Godine 1448. Vasilij je započeo vojnu akciju, koja je uključivala uglavnom sjeverne zemlje do Velikog Ustjuga i uz neke prekide nastavila se do 1452., kada je Šemjaka konačno poražen i pobjegao u Novgorod.Godine 1453. tamo je otrovan po izravnoj naredbi Vasilija.Nakon toga, Vasilij je uspio ukloniti sve lokalne knezove koji su prethodno podržavali Shemyaka.Kneževine Mozhaysk i Serpukhov ušle su u sastav Velike kneževine Moskve.