Kennedyjeva administracija nastavila je tražiti načine za svrgavanje Castra nakon invazije u Zaljevu svinja, eksperimentirajući s raznim načinima prikrivenog omogućavanja svrgavanja kubanske vlade.Značajne su se nade polagale u program terorističkih napada i drugih destabilizirajućih operacija poznatih kao operacija Mongoose, osmišljen pod Kennedyjevom administracijom 1961. Hruščov je saznao za projekt u veljači 1962., a kao odgovor su poduzete pripreme za instaliranje sovjetskih nuklearnih projektila na Kubi.Uznemiren, Kennedy je razmišljao o različitim reakcijama.U konačnici je na postavljanje nuklearnih projektila na Kubi odgovorio pomorskom blokadom, a Sovjetskom Savezu je postavio ultimatum.Hruščov je odustao od sukoba, a Sovjetski Savez je uklonio projektile u zamjenu za javno američko obećanje da neće ponovno napasti Kubu, kao i tajni dogovor o uklanjanju američkih projektila iz Turske.Castro je kasnije priznao da bih se "složio s uporabom nuklearnog oružja... uzimali smo zdravo za gotovo da će to ionako postati nuklearni rat i da ćemo nestati."Kubanska raketna kriza (listopad – studeni 1962.) dovela je svijet bliže nuklearnom ratu nego ikad prije.Posljedice krize dovele su do prvih napora u utrci u nuklearnom naoružanju u nuklearnom razoružanju i poboljšanju odnosa, iako je prvi hladnoratovski sporazum o kontroli naoružanja, Antarktički ugovor, stupio na snagu 1961. godine.Godine 1964. Hruščovljeve kolege iz Kremlja uspjele su ga otjerati, ali su mu omogućile mirnu mirovinu.Optužen za nepristojnost i nekompetentnost, John Lewis Gaddis tvrdi da je Hruščov zaslužan i za uništavanje sovjetske poljoprivrede, dovođenje svijeta na rub nuklearnog rata te da je Hruščov postao 'međunarodna sramota' kada je odobrio izgradnju Berlinskog zida.