En 1965, face à l'escalade des tensions et pour éviter de nouveaux conflits, le Premier ministre malaisien, Tunku Abdul Rahman, a proposé l'expulsion de Singapour de la Malaisie .Cette recommandation fut ensuite approuvée par le Parlement malaisien le 9 août 1965, avec un vote unanime en faveur de la séparation de Singapour.Le même jour, Lee Kuan Yew, Premier ministre de Singapour, annonçait avec émotion la nouvelle indépendance de la cité-État.Contrairement à la croyance populaire selon laquelle Singapour a été expulsée unilatéralement, des documents récents révèlent que des discussions entre le Parti d'action populaire (PAP) de Singapour et l'Alliance malaisienne se poursuivaient depuis juillet 1964. Lee Kuan Yew et Goh Keng Swee, un haut dirigeant du PAP, ont orchestré la séparation d'une manière qui la présentait comme une décision irrévocable au public, visant à en tirer un bénéfice politique et économique.^[16]Après la séparation, Singapour a subi des amendements constitutionnels qui ont fait de la cité-État la République de Singapour.Yusof Ishak, auparavant Yang di-Pertuan Negara ou représentant vice-royal, a été inauguré en tant que premier président de Singapour.Alors que le dollar de Malaisie et le dollar britannique de Bornéo sont restés la monnaie légale pendant une brève période, des discussions sur une monnaie commune entre Singapour et la Malaisie ont eu lieu avant l'introduction éventuelle du dollar de Singapour en 1967. ^[17] En Malaisie, les sièges parlementaires détenus auparavant par Singapour ont été réaffectés à la Malaisie, ce qui a modifié l'équilibre des pouvoirs et l'influence des États du Sabah et du Sarawak.La décision de séparer Singapour de la Malaisie a suscité de vives réactions, notamment de la part des dirigeants du Sabah et du Sarawak.Ces dirigeants ont exprimé des sentiments de trahison et de frustration de n'avoir pas été consultés pendant le processus de séparation. Le ministre en chef du Sabah, Fuad Stephens, a exprimé son profond chagrin dans une lettre à Lee Kuan Yew, tandis que des dirigeants comme Ong Kee Hui du Parti populaire uni du Sarawak ont ​​interrogé la raison même de l'existence de la Malaisie après la séparation.Malgré ces inquiétudes, le vice-Premier ministre malaisien Abdul Razak Hussein a défendu la décision, attribuant le secret et l'urgence de la décision à la confrontation en cours entre l'Indonésie et la Malaisie.^[18]