L'administration Kennedy a continué à chercher des moyens d'évincer Castro après l'invasion de la Baie des Cochons, expérimentant diverses manières de faciliter secrètement le renversement du gouvernement cubain.Des espoirs importants reposaient sur le programme d'attaques terroristes et d'autres opérations de déstabilisation connues sous le nom d'opération Mangouste, conçues sous l'administration Kennedy en 1961. Khrouchtchev a appris l'existence du projet en février 1962 et des préparatifs pour installer des missiles nucléaires soviétiques à Cuba ont été entrepris en réponse.Alarmé, Kennedy a envisagé diverses réactions.Il a finalement répondu à l'installation de missiles nucléaires à Cuba par un blocus naval, et il a présenté un ultimatum à l' Union soviétique .Khrouchtchev a reculé devant une confrontation et l'Union soviétique a retiré les missiles en échange d'un engagement public américain de ne plus envahir Cuba ainsi que d'un accord secret pour retirer les missiles américains de la Turquie.Castro a admis plus tard que "j'aurais accepté l'utilisation d'armes nucléaires. ... nous tenions pour acquis que cela deviendrait de toute façon une guerre nucléaire et que nous allions disparaître."La crise des missiles de Cuba (octobre-novembre 1962) a rapproché le monde plus que jamais de la guerre nucléaire.Les conséquences de la crise ont conduit aux premiers efforts dans la course aux armements nucléaires pour le désarmement nucléaire et l'amélioration des relations, bien que le premier accord de contrôle des armements de la guerre froide, le Traité sur l'Antarctique, soit entré en vigueur en 1961.En 1964, les collègues du Kremlin de Khrouchtchev parviennent à l'évincer, mais lui permettent une retraite paisible.Accusé d'impolitesse et d'incompétence, John Lewis Gaddis soutient que Khrouchtchev a également été crédité d'avoir ruiné l'agriculture soviétique, amenant le monde au bord de la guerre nucléaire et que Khrouchtchev était devenu un « embarras international » lorsqu'il a autorisé la construction du mur de Berlin.