Después de Culloden, las fuerzas gubernamentales pasaron varias semanas buscando rebeldes, confiscando ganado y quemando casas de reunión católicas y episcopales que no juraban.La brutalidad de estas medidas fue impulsada por una percepción generalizada en ambos lados de que era inminente otro desembarco.Los soldados regulares al servicio de Francia fueron tratados como prisioneros de guerra y luego intercambiados, independientemente de su nacionalidad, pero 3.500 jacobitas capturados fueron acusados ​​de traición.De estos, 120 fueron ejecutados, principalmente desertores y miembros del Regimiento de Manchester.Unos 650 murieron en espera de juicio;900 fueron indultados y el resto transportados.