El parlamento mantuvo a Charles bajo arresto domiciliario en Holdenby House en Northamptonshire hasta que Cornet George Joyce se lo llevó por la fuerza de Holdenby el 3 de junio en nombre del New Model Army.En ese momento, se había desarrollado una desconfianza mutua entre el Parlamento, que favorecía la disolución del ejército y el presbiterianismo, y el New Model Army, que estaba dirigido principalmente por independientes congregacionalistas, que buscaban un papel político más importante.Charles estaba ansioso por explotar las divisiones cada vez mayores y aparentemente vio las acciones de Joyce como una oportunidad en lugar de una amenaza.Primero lo llevaron a Newmarket, por sugerencia propia, y luego lo trasladaron a Oatlands y posteriormente a Hampton Court, mientras se llevaban a cabo más negociaciones infructuosas.En noviembre, decidió que lo mejor para él sería escapar, tal vez a Francia, el sur de Inglaterra o Berwick-upon-Tweed, cerca de la frontera con Escocia.Huyó de Hampton Court el 11 de noviembre y desde las costas de Southampton Water se puso en contacto con el coronel Robert Hammond, gobernador parlamentario de la Isla de Wight, a quien aparentemente creía que simpatizaba con él.Pero Hammond confinó a Charles en el castillo de Carisbrooke e informó al Parlamento que Charles estaba bajo su custodia.Desde Carisbrooke, Charles continuó tratando de negociar con las distintas partes.En contraste directo con su conflicto anterior con el escocés Kirk, el 26 de diciembre de 1647 firmó un tratado secreto con los escoceses.Según el acuerdo, llamado "Compromiso", los escoceses se comprometieron a invadir Inglaterra en nombre de Carlos y restaurarlo en el trono con la condición de que el presbiterianismo se estableciera en Inglaterra durante tres años.