La administración Kennedy continuó buscando formas de derrocar a Castro luego de la invasión de Bahía de Cochinos, experimentando con varias formas de facilitar de manera encubierta el derrocamiento del gobierno cubano.Se depositaron esperanzas significativas en el programa de ataques terroristas y otras operaciones de desestabilización conocidas como Operación Mangosta, ideado bajo la administración Kennedy en 1961. Jrushchov se enteró del proyecto en febrero de 1962, y en respuesta se emprendieron los preparativos para instalar misiles nucleares soviéticos en Cuba.Kennedy, alarmado, consideró varias reacciones.Finalmente respondió a la instalación de misiles nucleares en Cuba con un bloqueo naval y presentó un ultimátum a la Unión Soviética .Jruschov se retractó de una confrontación y la Unión Soviética retiró los misiles a cambio de una promesa pública estadounidense de no invadir Cuba nuevamente, así como un acuerdo encubierto para retirar los misiles estadounidenses de Turquía.Castro admitió más tarde que "habría estado de acuerdo con el uso de armas nucleares ... dimos por sentado que de todos modos se convertiría en una guerra nuclear y que íbamos a desaparecer".La crisis de los misiles en Cuba (octubre-noviembre de 1962) acercó al mundo a la guerra nuclear como nunca antes.Las secuelas de la crisis llevaron a los primeros esfuerzos en la carrera de armamentos nucleares por el desarme nuclear y la mejora de las relaciones, aunque el primer acuerdo de control de armas de la Guerra Fría, el Tratado Antártico, había entrado en vigor en 1961.En 1964, los colegas de Khrushchev en el Kremlin lograron expulsarlo, pero le permitieron una jubilación pacífica.Acusado de rudeza e incompetencia, John Lewis Gaddis argumenta que a Jruschov también se le atribuyó la ruina de la agricultura soviética, llevando al mundo al borde de la guerra nuclear y que Jruschov se había convertido en una "vergüenza internacional" cuando autorizó la construcción del Muro de Berlín.