Ο θάνατος του άτεκνου Feodor στις 7 Ιανουαρίου 1598, καθώς και η φημολογούμενη δολοφονία του πολύ μικρότερου αδελφού του Feodor, Dimitry, οδήγησαν την άνοδο του Boris στην εξουσία.Η εκλογή του προτάθηκε από τον Πατριάρχη Μόσχας Ιώβ, ο οποίος πίστευε ότι ο Μπόρις ήταν ο μοναδικός άνθρωπος ικανός να αντιμετωπίσει τις δυσκολίες της κατάστασης.Ο Μπόρις, ωστόσο, θα δεχόταν τον θρόνο μόνο από την Zemsky Sobor (εθνική συνέλευση), η οποία συνήλθε στις 17 Φεβρουαρίου και τον εξέλεξε ομόφωνα στις 21 Φεβρουαρίου.Την 1η Σεπτεμβρίου στέφθηκε πανηγυρικά τσάρος.Αναγνώρισε την ανάγκη της Ρωσίας να καλύψει τη διαφορά με την πνευματική πρόοδο της Δύσης και έκανε ό,τι μπορούσε για να επιφέρει εκπαιδευτικές και κοινωνικές μεταρρυθμίσεις.Ήταν ο πρώτος τσάρος που εισήγαγε ξένους δασκάλους σε μεγάλη κλίμακα, ο πρώτος που έστειλε νέους Ρώσους στο εξωτερικό για να μορφωθούν και ο πρώτος που επέτρεψε να χτιστούν λουθηρανικές εκκλησίες στη Ρωσία.