Στη Δίαιτα του Μαρτίου 1467, δύο παραδοσιακοί φόροι μετονομάστηκαν.τα κέρδη του θαλάμου εισπράττονταν στη συνέχεια ως φόρος του βασιλικού ταμείου και τα τριακοστά ως τελωνεία του Στέμματος.Εξαιτίας αυτής της αλλαγής, όλες οι προηγούμενες φορολογικές απαλλαγές κατέστησαν άκυρες, αυξάνοντας τα κρατικά έσοδα.Ο Ματθίας άρχισε να συγκεντρώνει τη διαχείριση των βασιλικών εσόδων.Εμπιστεύτηκε τη διαχείριση των τελωνείων του Στέμματος στον John Ernuszt, έναν προσηλυτισμένο Εβραίο έμπορο.Μέσα σε δύο χρόνια, ο Ernuszt ήταν υπεύθυνος για την είσπραξη όλων των τακτικών και έκτακτων φόρων και τη διαχείριση των αλατωρυχείων.Η φορολογική μεταρρύθμιση του Ματθία προκάλεσε εξέγερση στην Τρανσυλβανία.Οι εκπρόσωποι των «Τριών Εθνών» της επαρχίας —οι ευγενείς, οι Σάξονες και οι Székely— σχημάτισαν συμμαχία εναντίον του βασιλιά στο Kolozsmonostor (τώρα περιοχή Mănăștur στο Cluj-Napoca της Ρουμανίας) στις 18 Αυγούστου, δηλώνοντας ότι ήταν πρόθυμοι να αγώνα για την ελευθερία της Ουγγαρίας.Ο Ματθίας συγκέντρωσε αμέσως τα στρατεύματά του και έσπευσε στην επαρχία.Οι επαναστάτες παραδόθηκαν χωρίς αντίσταση, αλλά ο Ματίας τιμώρησε αυστηρά τους ηγέτες τους, πολλοί από τους οποίους καρφώθηκαν, αποκεφαλίστηκαν ή βασανίστηκαν ανελέητα κατόπιν διαταγής του.Υποψιαζόμενος ότι ο Μέγας Στέφανος είχε υποστηρίξει την εξέγερση, ο Ματθίας εισέβαλε στη Μολδαβία.Ωστόσο, οι δυνάμεις του Στέφανου κατατρόπωσαν τις δυνάμεις του Ματίας στη μάχη της Μπάγια στις 15 Δεκεμβρίου 1467. Ο Ματίας υπέστη σοβαρούς τραυματισμούς, αναγκάζοντάς τον να επιστρέψει στην Ουγγαρία.