Μετά την πτώση της Αυτοκρατορίας των Ίνκας, πολλές πτυχές του πολιτισμού των Ίνκας καταστράφηκαν συστηματικά, συμπεριλαμβανομένου του εξελιγμένου γεωργικού τους συστήματος, γνωστό ως το μοντέλο γεωργίας κάθετου αρχιπελάγους.Οι Ισπανοί αποικιακοί αξιωματούχοι χρησιμοποίησαν το σύστημα εργασίας Inca mita corvée για αποικιακούς σκοπούς, μερικές φορές βάναυσα.Ένα μέλος από κάθε οικογένεια αναγκαζόταν να εργάζεται στα ορυχεία χρυσού και αργύρου, το κορυφαίο από τα οποία ήταν το τιτάνιο ορυχείο αργύρου στο Ποτόσι.Όταν ένα μέλος της οικογένειας πέθαινε, κάτι που συνήθως συνέβαινε μέσα σε ένα ή δύο χρόνια, η οικογένεια έπρεπε να στείλει έναν αντικαταστάτη.Οι επιπτώσεις της ευλογιάς στην αυτοκρατορία των Ίνκας ήταν ακόμη πιο καταστροφικές.Ξεκινώντας από την Κολομβία, η ευλογιά εξαπλώθηκε γρήγορα πριν οι Ισπανοί εισβολείς φτάσουν για πρώτη φορά στην αυτοκρατορία.Η εξάπλωση πιθανώς υποβοηθήθηκε από το αποτελεσματικό οδικό σύστημα των Ίνκας.Η ευλογιά ήταν μόνο η πρώτη επιδημία.Άλλες ασθένειες, συμπεριλαμβανομένης μιας πιθανής επιδημίας τύφου το 1546, της γρίπης και της ευλογιάς μαζί το 1558, της ευλογιάς ξανά το 1589, της διφθερίτιδας το 1614 και της ιλαράς το 1618, όλα κατέστρεψαν τον λαό των Ίνκας.Θα γίνονταν περιοδικές προσπάθειες από ιθαγενείς ηγέτες να εκδιώξουν τους Ισπανούς αποίκους και να ξαναδημιουργήσουν την Αυτοκρατορία των Ίνκας μέχρι τα τέλη του 18ου αιώνα.