Στις εκλογές του 1997, το συντηρητικό κόμμα εξασφάλισε σημαντική πλειοψηφία, δίνοντάς τους τη δυνατότητα να τροποποιήσουν το σύνταγμα για να μειώσουν τους ελέγχους και τις ισορροπίες στην εξουσία του Πρωθυπουργού.Ο Ναουάζ Σαρίφ αντιμετώπισε θεσμικές προκλήσεις από βασικές προσωπικότητες όπως ο Πρόεδρος Farooq Leghari, ο Πρόεδρος της Επιτροπής Μικτών Επιτελείων Στρατηγός Jehangir Karamat, ο Αρχηγός του Ναυτικού Επιτελείου Ναύαρχος Fasih Bokharie και ο επικεφαλής της δικαιοσύνης Sajjad Ali Shah.Ο Σαρίφ αντιμετώπισε με επιτυχία αυτές τις προκλήσεις, με αποτέλεσμα την παραίτηση και των τεσσάρων, με τον Ανώτατο Δικαστήριο Σαχ να παραιτείται μετά την εισβολή στο Ανώτατο Δικαστήριο από τους υποστηρικτές του Σαρίφ.Οι εντάσεις με την Ινδία κλιμακώθηκαν το 1998 μετά τις ινδικές πυρηνικές δοκιμές (Επιχείρηση Σάκτι).Σε απάντηση, ο Σαρίφ συγκάλεσε συνεδρίαση της επιτροπής άμυνας του υπουργικού συμβουλίου και στη συνέχεια διέταξε τις πυρηνικές δοκιμές του ίδιου του Πακιστάν στους λόφους Chagai.Αυτή η ενέργεια, ενώ καταδικάστηκε διεθνώς, ήταν δημοφιλής στο εσωτερικό και αύξησε τη στρατιωτική ετοιμότητα κατά μήκος των ινδικών συνόρων.Η ισχυρή απάντηση του Σαρίφ στη διεθνή κριτική μετά τις πυρηνικές δοκιμές περιελάμβανε την καταδίκη της Ινδίας για τη διάδοση των πυρηνικών όπλων και την κριτική των Ηνωμένων Πολιτειών για την ιστορική χρήση πυρηνικών όπλων στηνΙαπωνία :Ο Κόσμος, αντί να ασκήσει πίεση στην [Ινδία]... να μην πάρει τον καταστροφικό δρόμο... επέβαλε κάθε είδους κυρώσεις στο [Πακιστάν] χωρίς να φταίει εκείνη...!Αν η Ιαπωνία είχε τη δική της πυρηνική ικανότητα...[οι πόλεις]...Η Χιροσίμα και το Ναγκασάκι δεν θα είχαν υποστεί ατομική καταστροφή στα χέρια των Ηνωμένων ΠολιτειώνΥπό την ηγεσία του, το Πακιστάν έγινε το έβδομο δηλωμένο κράτος με πυρηνικά όπλα και το πρώτο στον μουσουλμανικό κόσμο.Εκτός από την πυρηνική ανάπτυξη, η κυβέρνηση του Σαρίφ εφάρμοσε περιβαλλοντικές πολιτικές ιδρύοντας την Υπηρεσία Προστασίας του Περιβάλλοντος του Πακιστάν.Συνεχίζοντας τις πολιτιστικές πολιτικές του Μπούτο, ο Σαρίφ επέτρεψε κάποια πρόσβαση στα ινδικά μέσα ενημέρωσης, σηματοδοτώντας μια μικρή αλλαγή στην πολιτική των μέσων ενημέρωσης.