Η προεδρία του Περβέζ Μουσάραφ από το 1999 έως το 2007 σηματοδότησε την πρώτη φορά που φιλελεύθερες δυνάμεις κατείχαν σημαντική εξουσία στο Πακιστάν.Εισήχθησαν πρωτοβουλίες για οικονομική απελευθέρωση, ιδιωτικοποίηση και ελευθερία των μέσων ενημέρωσης, με το στέλεχος της Citibank Shaukat Aziz να παίρνει τον έλεγχο της οικονομίας.Η κυβέρνηση του Μουσάραφ χορήγησε αμνηστία σε πολιτικούς εργαζόμενους από φιλελεύθερα κόμματα, παραγκωνίζοντας συντηρητικούς και αριστερούς.Ο Μουσάραφ επέκτεινε σημαντικά τα ιδιωτικά μέσα ενημέρωσης, με στόχο να αντιμετωπίσει την πολιτιστική επιρροή της Ινδίας.Το Ανώτατο Δικαστήριο διέταξε γενικές εκλογές μέχρι τον Οκτώβριο του 2002 και ο Μουσάραφ ενέκρινε την εισβολή των ΗΠΑ στο Αφγανιστάν το 2001. Οι εντάσεις με την Ινδία για το Κασμίρ οδήγησαν σε στρατιωτική αντιπαράθεση το 2002.Το δημοψήφισμα του Μουσάραφ το 2002, που κρίθηκε αμφιλεγόμενο, παρέτεινε την προεδρική του θητεία.Στις γενικές εκλογές του 2002 οι φιλελεύθεροι και οι κεντρώοι κέρδισαν την πλειοψηφία, σχηματίζοντας κυβέρνηση με την υποστήριξη του Μουσάραφ.Η 17η τροποποίηση του Συντάγματος του Πακιστάν νομιμοποίησε αναδρομικά τις ενέργειες του Μουσάραφ και παρέτεινε την προεδρία του.Ο Σαουκάτ Αζίζ έγινε Πρωθυπουργός το 2004, εστιάζοντας στην οικονομική ανάπτυξη αλλά αντιμετωπίζοντας την αντίθεση για κοινωνικές μεταρρυθμίσεις.Ο Μουσάραφ και ο Αζίζ επέζησαν από πολλές απόπειρες δολοφονίας που συνδέονται με την Αλ Κάιντα.Σε διεθνές επίπεδο, οι ισχυρισμοί για τη διάδοση των πυρηνικών όπλων αμαύρωσαν την αξιοπιστία τους.Οι εγχώριες προκλήσεις περιλάμβαναν συγκρούσεις σε περιοχές φυλών και μια εκεχειρία με τους Ταλιμπάν το 2006, αν και η θρησκευτική βία συνεχίστηκε.