Κατά τη διάρκεια του πολέμου της Βοσνίας 1991–1995 και του Κροατικού πολέμου, το Μαυροβούνιο συμμετείχε με τις αστυνομικές και στρατιωτικές του δυνάμεις στις επιθέσεις στο Ντουμπρόβνικ, την Κροατία και τις βοσνιακές πόλεις μαζί με τα σερβικά στρατεύματα, επιθετικές ενέργειες με στόχο την απόκτηση περισσότερων εδαφών με τη βία, που χαρακτηρίζονται από ένα συνεπές πρότυπο κατάφωρες και συστηματικές παραβιάσεις των ανθρωπίνων δικαιωμάτων.Έκτοτε ο Μαυροβούνιος στρατηγός Pavle Strugar καταδικάστηκε για τη συμμετοχή του στη βομβιστική επίθεση στο Ντουμπρόβνικ.Βόσνιοι πρόσφυγες συνελήφθησαν από την αστυνομία του Μαυροβουνίου και μεταφέρθηκαν σε σερβικά στρατόπεδα στη Φότσα, όπου υποβλήθηκαν σε συστηματικά βασανιστήρια και εκτελέστηκαν.Τον Μάιο του 1992, τα Ηνωμένα Έθνη επέβαλαν εμπάργκο στην ΟΔΓ: αυτό επηρέασε πολλές πτυχές της ζωής στη χώρα.Λόγω της ευνοϊκής γεωγραφικής του θέσης (πρόσβαση στην Αδριατική Θάλασσα και υδάτινη σύνδεση με την Αλβανία μέσω της λίμνης Skadar), το Μαυροβούνιο έγινε κόμβος λαθρεμπορίας.Ολόκληρη η βιομηχανική παραγωγή του Μαυροβουνίου είχε σταματήσει και η κύρια οικονομική δραστηριότητα της δημοκρατίας ήταν το λαθρεμπόριο αγαθών χρήσης – ειδικά εκείνων που είχαν έλλειψη όπως βενζίνη και τσιγάρα, τα οποία εκτοξεύτηκαν στα ύψη.Έγινε μια de facto νομιμοποιημένη πρακτική και συνεχίστηκε για χρόνια.Στην καλύτερη περίπτωση, η κυβέρνηση του Μαυροβουνίου έκλεισε τα μάτια στην παράνομη δραστηριότητα, αλλά κυρίως συμμετείχε ενεργά σε αυτήν.Το λαθρεμπόριο έκανε εκατομμυριούχους από κάθε λογής σκιερά άτομα, συμπεριλαμβανομένων των ανώτερων κυβερνητικών αξιωματούχων.Ο Milo Đukanović συνεχίζει να αντιμετωπίζει αγωγές σε διάφορα ιταλικά δικαστήρια για το ρόλο του στο εκτεταμένο λαθρεμπόριο κατά τη δεκαετία του 1990 και στην παροχή ασφαλούς καταφυγίου στο Μαυροβούνιο για διάφορες προσωπικότητες της ιταλικής μαφίας που φέρεται να συμμετείχαν επίσης στην αλυσίδα διανομής λαθρεμπορίου.