Ο τελευταίος σουλτάνος ​​της δυναστείας των Μαλακών, ο σουλτάνος ​​Μαχμούντ Σαχ Β', ήταν γνωστός για την ακανόνιστη συμπεριφορά του, η οποία δεν ελεγχόταν σε μεγάλο βαθμό μετά τον θάνατο του Μπεντεχάρα Χαμπίμπ και τον επακόλουθο διορισμό του Μπενταχάρα Αμπντούλ Τζαλίλ.Αυτή η συμπεριφορά κορυφώθηκε όταν ο Σουλτάνος ​​διέταξε την εκτέλεση της εγκύου συζύγου ενός ευγενή για μια μικρή παράβαση.Σε αντίποινα, ο Σουλτάνος ​​σκοτώθηκε από τον θιγόμενο ευγενή, αφήνοντας τον θρόνο κενό το 1699. Οι Orang Kayas, σύμβουλοι του σουλτάνου, στράφηκαν στον Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong του Muar, ο οποίος πρότεινε στον Bendahara Abdul Jalil να κληρονομήσει τον θρόνο.Ωστόσο, η διαδοχή αντιμετωπίστηκε με κάποια δυσαρέσκεια, ιδιαίτερα από το Orang Laut.Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου αστάθειας, δύο κυρίαρχες ομάδες στο Johor - οι Bugis και οι Minangkabau - είδαν την ευκαιρία να ασκήσουν εξουσία.Το Minangkabau παρουσίασε τον Raja Kecil, έναν πρίγκιπα που ισχυριζόταν ότι ήταν ο μεταθανάτιος γιος του σουλτάνου Μαχμούντ Β'.Με την υπόσχεση του πλούτου και της δύναμης, οι Bugis υποστήριξαν αρχικά τον Raja Kecil.Ωστόσο, ο Raja Kecil τους πρόδωσε και στέφθηκε Σουλτάνος ​​του Johor χωρίς τη συγκατάθεσή τους, με αποτέλεσμα ο προηγούμενος σουλτάνος ​​Abdul Jalil IV να τραπεί σε φυγή και τελικά να δολοφονηθεί.Σε αντίποινα, οι Bugis ένωσαν τις δυνάμεις τους με τον Raja Sulaiman, τον γιο του σουλτάνου Abdul Jalil IV, οδηγώντας στην εκθρόνιση του Raja Kecil το 1722. Ενώ ο Raja Sulaiman ανέβηκε ως Σουλτάνος, επηρεάστηκε σε μεγάλο βαθμό από τους Bugis, οι οποίοι, στην πραγματικότητα, κυβερνούσαν τον Johor.Καθ' όλη τη διάρκεια της βασιλείας του Σουλτάνου Σουλεϊμάν Μπαντρούλ Αλάμ Σαχ στα μέσα του 18ου αιώνα, οι Μπουγκί άσκησαν σημαντικό έλεγχο στη διοίκηση του Τζοχόρ.Η επιρροή τους έγινε τόσο σημαντική που μέχρι το 1760, διάφορες οικογένειες Bugis είχαν παντρευτεί με τη βασιλική καταγωγή Johor, εδραιώνοντας περαιτέρω την κυριαρχία τους.Υπό την ηγεσία τους, η Johor γνώρισε οικονομική ανάπτυξη, ενισχυμένη από την ενσωμάτωση των Κινέζων εμπόρων.Ωστόσο, στα τέλη του 18ου αιώνα, ο Engkau Muda της φατρίας Temenggong άρχισε να ανακτά την εξουσία, θέτοντας τα θεμέλια για τη μελλοντική ευημερία του σουλτανάτου υπό την καθοδήγηση του Temenggong Abdul Rahman και των απογόνων του.