Οι Έλληνες άντεξαν στην Πελοπόννησο μέχρι το 1460, και οι Βενετοί και οι Γενουάτες προσκολλήθηκαν σε μερικά από τα νησιά, αλλά στις αρχές του 16ου αιώνα όλη η ηπειρωτική Ελλάδα και τα περισσότερα νησιά του Αιγαίου αποικίστηκαν από την Οθωμανική Αυτοκρατορία , εξαιρουμένων πολλών λιμενικών πόλεων ακόμα. που κατείχαν οι Ενετοί (το Ναύπλιο, η Μονεμβασιά, η Πάργα και η Μεθώνη οι σημαντικότερες από αυτές).Τα νησιά των Κυκλάδων, στη μέση του Αιγαίου, προσαρτήθηκαν επίσημα από τους Οθωμανούς το 1579, αν και βρίσκονταν υπό καθεστώς υποτελείας από τη δεκαετία του 1530.Η Κύπρος έπεσε το 1571, και οι Ενετοί διατήρησαν την Κρήτη μέχρι το 1669. Τα Επτάνησα δεν κυβερνήθηκαν ποτέ από τους Οθωμανούς, με εξαίρεση την Κεφαλονιά (από το 1479 έως το 1481 και από το 1485 έως το 1500), και παρέμειναν υπό την κυριαρχία της Δημοκρατίας της Βενετίας .Στα Επτάνησα γεννήθηκε ο σύγχρονος ελληνικός κρατισμός, με τη δημιουργία της Δημοκρατίας των Επτά Νήσων το 1800.Η Οθωμανική Ελλάδα ήταν μια πολυεθνική κοινωνία.Ωστόσο, η σύγχρονη δυτική έννοια της πολυπολιτισμικότητας, αν και εκ πρώτης όψεως φαίνεται να αντιστοιχεί στο σύστημα των μιλλέτ, θεωρείται ασυμβίβαστη με το οθωμανικό σύστημα.Στους Έλληνες με το ένα χέρι δόθηκαν κάποια προνόμια και ελευθερία.με το άλλο ήταν εκτεθειμένοι σε μια τυραννία που προερχόταν από τις κακές πρακτικές του διοικητικού της προσωπικού, επί της οποίας η κεντρική κυβέρνηση είχε μόνο εξ αποστάσεως και ελλιπή έλεγχο.Όταν έφτασαν οι Οθωμανοί, έγιναν δύο ελληνικές μεταναστεύσεις.Η πρώτη μετανάστευση συνεπάγεται τη μετανάστευση της ελληνικής διανόησης στη Δυτική Ευρώπη και την επιρροή της έλευσης της Αναγέννησης.Η δεύτερη μετανάστευση είχε ως αποτέλεσμα οι Έλληνες να εγκαταλείψουν τις πεδιάδες της ελληνικής χερσονήσου και να εγκατασταθούν στα βουνά.Το σύστημα του μιλλέτ συνέβαλε στην εθνική συνοχή των Ορθοδόξων Ελλήνων διαχωρίζοντας τους διάφορους λαούς εντός της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας με βάση τη θρησκεία.Οι Έλληνες που ζούσαν στις πεδιάδες κατά την Τουρκοκρατία ήταν είτε Χριστιανοί που αντιμετώπιζαν τα βάρη της ξένης κυριαρχίας είτε κρυπτοχριστιανοί (Έλληνες μουσουλμάνοι που ήταν μυστικοί ασκητές της ελληνορθόδοξης πίστης).Κάποιοι Έλληνες έγιναν κρυπτοχριστιανοί για να αποφύγουν τους βαρείς φόρους και ταυτόχρονα να εκφράσουν την ταυτότητά τους διατηρώντας τους δεσμούς τους με την Ελληνική Ορθόδοξη Εκκλησία.Ωστόσο, οι Έλληνες που ασπάστηκαν το Ισλάμ και δεν ήταν κρυπτοχριστιανοί θεωρούνταν «Τούρκοι» (Μουσουλμάνοι) στα μάτια των Ορθοδόξων Ελλήνων, ακόμη κι αν δεν υιοθέτησαν την τουρκική γλώσσα.Οι Οθωμανοί κυβέρνησαν το μεγαλύτερο μέρος της Ελλάδας μέχρι τις αρχές του 19ου αιώνα.Το πρώτο αυτοδιοίκητο, από τον Μεσαίωνα, Ελληνικό κράτος ιδρύθηκε κατά τους Γαλλικούς Επαναστατικούς Πολέμους, το 1800, 21 χρόνια πριν από το ξέσπασμα της ελληνικής επανάστασης στην ηπειρωτική Ελλάδα.Ήταν η Δημοκρατία των Επτήνων με πρωτεύουσα την Κέρκυρα.