Η γαλλική εκστρατεία στην Αίγυπτο , φαινομενικά για να υποστηρίξει την Οθωμανική Πύλη και να καταστείλει τουςΜαμελούκους , είχε επικεφαλής τον Ναπολέοντα Βοναπάρτη.Η διακήρυξη του Βοναπάρτη στην Αλεξάνδρεια τόνιζε την ισότητα, την αξία και τον σεβασμό για το Ισλάμ, σε αντίθεση με την υποτιθέμενη έλλειψη αυτών των ιδιοτήτων από τους Μαμελούκους.Υποσχέθηκε ανοιχτή πρόσβαση σε όλους τους Αιγύπτιους για διοικητικές θέσεις και πρότεινε την ανατροπή της παπικής εξουσίας για να αποδείξει τη γαλλική προσήλωση στο Ισλάμ.^[102]Ωστόσο, οι Αιγύπτιοι ήταν δύσπιστοι για τις γαλλικές προθέσεις.Μετά τη νίκη των Γάλλων στη Μάχη του Εμπάμπε (Μάχη των Πυραμίδων), όπου ηττήθηκαν οι δυνάμεις του Μουράντ Μπέη και του Ιμπραήμ Μπέη, σχηματίστηκε δημοτικό συμβούλιο στο Κάιρο με σεΐχηδες, Μαμελούκους και Γάλλους μέλη, που χρησίμευε κυρίως για την επιβολή γαλλικών διαταγμάτων.^[102]Η γαλλική αήττητη αμφισβητήθηκε μετά την ήττα του στόλου τους στη μάχη του Νείλου και την αποτυχία στην Άνω Αίγυπτο.Οι εντάσεις κλιμακώθηκαν με την εισαγωγή ενός φόρου κατοικίας, που οδήγησε σε εξέγερση στο Κάιρο τον Οκτώβριο του 1798. Ο Γάλλος στρατηγός Dupuy σκοτώθηκε, αλλά ο Βοναπάρτης και ο στρατηγός Kléber κατέστειλαν γρήγορα την εξέγερση.Η γαλλική χρήση του τζαμιού Al-Azhar ως στάβλου προκάλεσε βαθιά προσβολή.^[102]Η συριακή εκστρατεία του Βοναπάρτη το 1799 αποδυνάμωσε προσωρινά τον γαλλικό έλεγχο στην Αίγυπτο.Με την επιστροφή του, νίκησε μια κοινή επίθεση του Μουράτ Μπέη και του Ιμπραήμ Μπέη και αργότερα συνέτριψε έναν τουρκικό στρατό στο Αμπουκίρ.Στη συνέχεια, ο Βοναπάρτης εγκατέλειψε την Αίγυπτο, ορίζοντας τον Kléber ως διάδοχό του.^[102] Ο Kléber αντιμετώπισε μια επισφαλή κατάσταση.Μετά την παρεμπόδιση των αρχικών συμφωνιών για την εκκένωση των Γάλλων από τους Βρετανούς, το Κάιρο γνώρισε ταραχές, τις οποίες ο Kléber κατέστειλε.Διαπραγματεύτηκε με τον Μουράτ Μπέη, παραχωρώντας του τον έλεγχο της Άνω Αιγύπτου, αλλά ο Kléber δολοφονήθηκε τον Ιούνιο του 1800 ^{[102 .]}Ο στρατηγός Jacques-Francois Menou διαδέχθηκε τον Kléber, προσπαθώντας να κερδίσει την εύνοια των μουσουλμάνων, αλλά αποξενώνοντας τους Αιγύπτιους κηρύσσοντας ένα γαλλικό προτεκτοράτο.Το 1801, αγγλικές και τουρκικές δυνάμεις αποβιβάστηκαν στο Αμπού Κιρ, οδηγώντας σε γαλλικές ήττες.Ο στρατηγός Belliard παρέδωσε το Κάιρο τον Μάιο και ο Menou συνθηκολόγησε στην Αλεξάνδρεια τον Αύγουστο, τερματίζοντας τη γαλλική κατοχή.^[102] Η μόνιμη κληρονομιά της γαλλικής κατοχής ήταν η «Description de l'Egypte», μια λεπτομερής μελέτη της Αιγύπτου από Γάλλους μελετητές, η οποία συνέβαλε σημαντικά στον τομέα της Αιγυπτιολογίας.^[102]