Στις αρχές του 16ου αιώνα, μετά την οθωμανική κατάκτηση της Αιγύπτου το 1517, ο Σουλτάνος ​​Σελίμ Α' διόρισε τον Γιουνούς Πασά κυβερνήτη της Αιγύπτου, αλλά σύντομα αντικαταστάθηκε από τον Χαϊίρ Μπέη λόγω ζητημάτων διαφθοράς.^[97] Αυτή η περίοδος σηματοδότησε έναν αγώνα εξουσίας μεταξύ των Οθωμανών αντιπροσώπων και τωνΜαμελούκων , οι οποίοι διατήρησαν σημαντική επιρροή.Οι Μαμελούκοι ενσωματώθηκαν στη διοικητική δομή, κατέχοντας βασικές θέσεις στα 12 σαντζάκια της Αιγύπτου.Υπό τον Σουλτάνο Σουλεϊμάν τον Μεγαλοπρεπή, ιδρύθηκαν το Μεγάλο και το Μικρό Ντιβάνι για να βοηθήσουν τον πασά, με εκπροσώπηση του στρατού και των θρησκευτικών αρχών.Ο Σελίμ δημιούργησε έξι συντάγματα για την προστασία της Αιγύπτου, στα οποία ο Σουλεϊμάν πρόσθεσε ένα έβδομο.^[98]Η οθωμανική διοίκηση άλλαζε συχνά τον Αιγύπτιο κυβερνήτη, συχνά κάθε χρόνο.Ένας κυβερνήτης, ο Χάιν Αχμέτ Πασάς, προσπάθησε να εδραιώσει την ανεξαρτησία, αλλά ματαιώθηκε και εκτελέστηκε.^[98] Το 1527, μια έρευνα γης πραγματοποιήθηκε στην Αίγυπτο, κατηγοριοποιώντας τη γη σε τέσσερις τύπους: την κυριαρχία του σουλτάνου, τα φέουδα, τη γη στρατιωτικής συντήρησης και τα εδάφη θρησκευτικών θεμελίων.Αυτή η έρευνα πραγματοποιήθηκε το 1605. ^[98]Ο 17ος αιώνας στην Αίγυπτο χαρακτηρίστηκε από στρατιωτικές ανταρσίες και συγκρούσεις, συχνά λόγω προσπαθειών περιορισμού του εκβιασμού από τα στρατεύματα.Το 1609, μια σημαντική σύγκρουση οδήγησε στη θριαμβευτική είσοδο του Καρά Μεχμέτ Πασά στο Κάιρο, ακολουθούμενη από οικονομικές μεταρρυθμίσεις.^[98] Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, οι ντόπιοι Μαμελούκοι μπέηδες απέκτησαν κυριαρχία στην αιγυπτιακή διοίκηση, κατέχοντας συχνά στρατιωτικές θέσεις και αμφισβητώντας τους διορισμένους από τους Οθωμανούς κυβερνήτες.^[99] Ο αιγυπτιακός στρατός, με ισχυρούς τοπικούς δεσμούς, επηρέαζε συχνά τον διορισμό των κυβερνητών και είχε ουσιαστικό έλεγχο στη διοίκηση.^[100]Ο αιώνας είδε επίσης την άνοδο δύο φατριών με επιρροή στην Αίγυπτο: των Faqari, που συνδέονται με το οθωμανικό ιππικό, και των Qasimi, που συνδέονται με τα γηγενή αιγυπτιακά στρατεύματα.Αυτές οι φατρίες, που συμβολίζονται με τα ξεχωριστά χρώματα και σύμβολά τους, επηρέασαν σημαντικά τη διακυβέρνηση και την πολιτική της Οθωμανικής Αιγύπτου.^[101]