Ο Χουν Σεν και η κυβέρνησή του έχουν δει πολλές διαμάχες.Ο Χουν Σεν ήταν πρώην διοικητής των Ερυθρών Χμερ που εγκαταστάθηκε αρχικά από τους Βιετναμέζους και, αφού οι Βιετναμέζοι έφυγαν από τη χώρα, διατηρεί τη θέση του ισχυρού άνδρα με τη βία και την καταπίεση όταν κρίνεται απαραίτητο.^[101] Το 1997, φοβούμενος την αυξανόμενη δύναμη του συν-πρωθυπουργού του, Πρίγκιπα Norodom Ranariddh, ο Hun εξαπέλυσε πραξικόπημα, χρησιμοποιώντας τον στρατό για να εκκαθαρίσει τον Ranariddh και τους υποστηρικτές του.Ο Ranariddh εκδιώχθηκε και διέφυγε στο Παρίσι, ενώ άλλοι αντίπαλοι του Hun Sen συνελήφθησαν, βασανίστηκαν και ορισμένοι εκτελέστηκαν με συνοπτικές διαδικασίες.^[101]