Στην Κούβα, το Κίνημα της 26ης Ιουλίου, με επικεφαλής τους νέους επαναστάτες Φιντέλ Κάστρο και Τσε Γκεβάρα, κατέλαβε την εξουσία στην Κουβανική Επανάσταση την 1η Ιανουαρίου 1959, ανατρέποντας τον Πρόεδρο Φουλχένσιο Μπατίστα, του οποίου η κυβέρνηση Αϊζενχάουερ αρνήθηκε να αποκτήσει όπλα στο αντιλαϊκό καθεστώς.Αν και ο πρώτος του Φιντέλ Κάστρο αρνήθηκε να κατηγοριοποιήσει τη νέα κυβέρνησή του ως σοσιαλιστική και αρνήθηκε επανειλημμένα ότι είναι κομμουνιστής, ο Κάστρο διόρισε μαρξιστές σε ανώτερες κυβερνητικές και στρατιωτικές θέσεις.Το πιο σημαντικό είναι ότι ο Τσε Γκεβάρα έγινε Διοικητής της Κεντρικής Τράπεζας και στη συνέχεια υπουργός Βιομηχανιών.Οι διπλωματικές σχέσεις μεταξύ της Κούβας και των Ηνωμένων Πολιτειών συνεχίστηκαν για κάποιο διάστημα μετά την πτώση του Μπατίστα, αλλά ο Πρόεδρος Αϊζενχάουερ έφυγε σκόπιμα από την πρωτεύουσα για να αποφύγει τη συνάντηση με τον Κάστρο κατά τη διάρκεια του ταξιδιού του στην Ουάσιγκτον τον Απρίλιο, αφήνοντας τον Αντιπρόεδρο Ρίτσαρντ Νίξον να διευθύνει τη συνάντηση στη θέση του. .Η Κούβα άρχισε τις διαπραγματεύσεις για αγορές όπλων από το Ανατολικό Μπλοκ τον Μάρτιο του 1960. Τον Μάρτιο του ίδιου έτους ο Αϊζενχάουερ έδωσε έγκριση στα σχέδια και τη χρηματοδότηση της CIA για την ανατροπή του Κάστρο.Τον Ιανουάριο του 1961, λίγο πριν αποχωρήσει από την εξουσία, ο Αϊζενχάουερ διέκοψε επίσημα τις σχέσεις με την κουβανική κυβέρνηση.Εκείνον τον Απρίλιο, η διοίκηση του νεοεκλεγμένου Αμερικανού Προέδρου Τζον Φ. Κένεντι πραγματοποίησε την ανεπιτυχή πλοιοκτησία που οργανώθηκε από τη CIA στο νησί στην Playa Girón και την Playa Larga στην επαρχία Santa Clara - μια αποτυχία που ταπείνωσε δημόσια τις Ηνωμένες Πολιτείες.Ο Κάστρο απάντησε ασπαζόμενος δημόσια τον μαρξισμό-λενινισμό και η Σοβιετική Ένωση δεσμεύτηκε να παράσχει περαιτέρω υποστήριξη.Τον Δεκέμβριο, η κυβέρνηση των ΗΠΑ ξεκίνησε μια εκστρατεία τρομοκρατικών επιθέσεων κατά του κουβανικού λαού και μυστικές επιχειρήσεις και δολιοφθορές κατά της κυβέρνησης, σε μια προσπάθεια να ανατρέψει την κουβανική κυβέρνηση.