Ο Νορμανδός Δούκας Ροβέρτος Γυισκάρδος της Απουλίας ετοιμάστηκε να εισβάλει στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία το 1081 με το πρόσχημα της υπεράσπισης της διαδοχής του Κωνσταντίνου Δούκα, ο οποίος είχε αρραβωνιαστεί την κόρη του Ροβέρτου, Ελένη.την ίδια περίοδο οι Σελτζούκοι κατέλαβαν την πόλη της Κύζικο.Στον Αλέξιο ανατέθηκε ένας σημαντικός στρατός για να νικήσει τη νορμανδική απειλή, αλλά συνωμότησε με τον συγγενή του Ιωάννη Δούκα για να πάρει τον θρόνο για τον εαυτό του.Ο Αλέξιος ξεσήκωσε εξέγερση κατά του Νικηφόρου και μπόρεσε γρήγορα να περικυκλώσει την Κωνσταντινούπολη και να την πολιορκήσει λόγω έλλειψης αμυντικού στρατού.Ο Νικηφόρος δεν μπόρεσε να εξασφαλίσει την υποστήριξη ούτε των Σελτζούκων Τούρκων ούτε του Νικηφόρου Μελισσηνού, των παραδοσιακών αντιπάλων του, και έτσι αναγκάστηκε να ετοιμαστεί να παραιτηθεί.Ο Νικηφόρος αποφάσισε ότι η μόνη του επιλογή ήταν να παραιτηθεί υπέρ του Μελισσηνού, που βρισκόταν εκεί κοντά στον Δάμαλη της Ανατολίας, και του έστειλε αγγελιοφόρους πέρα ​​από τον Βόσπορο.Ωστόσο, αυτοί οι αγγελιοφόροι αναχαιτίστηκαν από τον Γεώργιο Παλαιολόγο, στρατηγό του Αλεξίου, ο οποίος τους έπεισε να υποστηρίξουν τον Αλέξιο.Ο Αλέξιος και οι δυνάμεις του διέρρηξαν τα τείχη της Κωνσταντινούπολης την 1η Απριλίου 1081 και λεηλάτησαν την πόλη.Ο Πατριάρχης Κοσμάς έπεισε τον Νικηφόρο να παραιτηθεί από τον Αλέξιο αντί να παρατείνει τον εμφύλιο.Τότε ο Νικηφόρος κατέφυγε στην Αγία Σοφία και αναζήτησε ιερό μέσα σε αυτήν.Ο Μιχαήλ, ο λογοθέτης του Αλεξίου, συνόδευσε στη συνέχεια τον Νικηφόρο στη Μονή Περιβλέπτου, όπου παραιτήθηκε από το θρόνο και εκάρη μοναχός.Πέθανε αργότερα το ίδιο έτος.