Τον Ιανουάριο του 1863, ο Στρατός του Πότομακ, μετά τη Μάχη του Φρέντερικσμπουργκ και την ταπεινωτική Πορεία Λάσπης, υπέφερε από αυξανόμενες λιποταξίες και πτώση του ηθικού.Ο Λίνκολν προσπάθησε για πέμπτη φορά με έναν νέο στρατηγό στις 25 Ιανουαρίου 1863 — Maj.Στρατηγός Τζόζεφ Χούκερ, ένας άνθρωπος με επιθετική φήμη που είχε καλή απόδοση σε προηγούμενες υφιστάμενες εντολές.^[56]Ο Χούκερ ξεκίνησε μια τόσο αναγκαία αναδιοργάνωση του στρατού, καταργώντας το μεγάλο σύστημα μεραρχιών του Μπέρνσαϊντ, το οποίο είχε αποδειχθεί δυσκίνητο.Επίσης, δεν είχε πλέον επαρκείς ανώτερους αξιωματικούς που θα μπορούσε να εμπιστευθεί για να διοικήσει επιχειρήσεις πολλαπλών σωμάτων.^[57] Οργάνωσε το ιππικό σε ξεχωριστό σώμα υπό τη διοίκηση του Brig.Στρατηγός Τζορτζ Στόουνμαν.Αλλά ενώ συγκέντρωσε το ιππικό σε μια ενιαία οργάνωση, διέλυσε τα τάγματα πυροβολικού του στον έλεγχο των διοικητών μεραρχιών πεζικού, αφαιρώντας τη συντονιστική επιρροή του αρχηγού πυροβολικού του στρατού, Ταξιάρχη.Στρατηγός Henry J. Hunt.Μεταξύ των αλλαγών του ήταν διορθώσεις στην καθημερινή διατροφή των στρατιωτών, υγειονομικές αλλαγές στο στρατόπεδο, βελτιώσεις και υπευθυνότητα του συστήματος τετάρτου, προσθήκη και παρακολούθηση των μαγείρων της εταιρείας, αρκετές μεταρρυθμίσεις στα νοσοκομεία, βελτιωμένο σύστημα άδειας, εντολές για τον περιορισμό της αυξανόμενης λιποταξίας, βελτιωμένες ασκήσεις και ισχυρότερη εκπαίδευση αξιωματικών.Οι δύο στρατοί αντιμετώπισαν ο ένας τον άλλον στο Fredericksburg κατά τη διάρκεια του χειμώνα 1862–1863.Η εκστρατεία Chancellorsville ξεκίνησε όταν ο Χούκερ μετέφερε κρυφά το μεγαλύτερο μέρος του στρατού του στην αριστερή όχθη του ποταμού Rappahannock και στη συνέχεια την διέσχισε το πρωί της 27ης Απριλίου 1863. Το ιππικό της Ένωσης υπό τον Ταγματάρχη Τζορτζ Στόουνμαν ξεκίνησε μια επιδρομή μεγάλης απόστασης εναντίον Οι γραμμές ανεφοδιασμού του Lee περίπου την ίδια στιγμή.Διασχίζοντας τον ποταμό Rapidan μέσω της Germanna και του Ely's Fords, το ομοσπονδιακό πεζικό συγκεντρώθηκε κοντά στο Chancellorsville στις 30 Απριλίου. Σε συνδυασμό με τη δύναμη της Ένωσης που αντιμετώπιζε το Fredericksburg, ο Hooker σχεδίασε ένα διπλό περίβλημα, επιτιθέμενος στον Lee τόσο από μπροστά όσο και από πίσω.Την 1η Μαΐου, ο Χούκερ προχώρησε από το Chancellorsville προς το Lee, αλλά ο Συνομοσπονδιακός στρατηγός χώρισε τον στρατό του μπροστά σε ανώτερους αριθμούς, αφήνοντας μια μικρή δύναμη στο Fredericksburg για να αποτρέψει τον Ταγματάρχη John Sedgwick από την προέλαση, ενώ επιτέθηκε στην προέλαση του Hooker με περίπου τέσσερις -τα πέμπτα του στρατού του.Παρά τις αντιρρήσεις των υφισταμένων του, ο Χούκερ απέσυρε τους άνδρες του στις αμυντικές γραμμές γύρω από το Τσάνσελορσβιλ, παραχωρώντας την πρωτοβουλία στον Λι.Στις 2 Μαΐου, ο Λι μοίρασε ξανά τον στρατό του, στέλνοντας ολόκληρο το σώμα του Στόουνγουολ Τζάκσον σε μια πλευρική πορεία που κατέστρεψε το Σώμα της Ένωσης XI.Οι πιο σκληρές μάχες της μάχης - και η δεύτερη πιο αιματηρή ημέρα του Εμφυλίου Πολέμου - σημειώθηκαν στις 3 Μαΐου καθώς ο Lee εξαπέλυσε πολλαπλές επιθέσεις κατά της θέσης της Ένωσης στο Chancellorsville, με αποτέλεσμα μεγάλες απώλειες και στις δύο πλευρές και την αποχώρηση του κύριου στρατού του Hooker.Την ίδια μέρα, ο Sedgwick προχώρησε διασχίζοντας τον ποταμό Rappahannock, νίκησε τη μικρή Συνομοσπονδιακή δύναμη στο Marye's Heights στη Δεύτερη Μάχη του Fredericksburg και μετά κινήθηκε προς τα δυτικά.Οι Συνομοσπονδιακοί πολέμησαν μια επιτυχημένη δράση καθυστέρησης στην Εκκλησία της Μάχης του Σάλεμ.Την 4η ο Lee γύρισε την πλάτη του στον Hooker και επιτέθηκε στον Sedgwick και τον οδήγησε πίσω στο Ford του Banks, περικυκλώνοντάς τους από τις τρεις πλευρές.Ο Sedgwick αποσύρθηκε από το Ford νωρίς στις 5 Μαΐου. Ο Lee γύρισε πίσω για να αντιμετωπίσει τον Hooker που απέσυρε τον υπόλοιπο στρατό του μέσω του Ford των ΗΠΑ τη νύχτα 5-6 Μαΐου.Το Chancellorsville είναι γνωστό ως η «τέλεια μάχη» του Lee ^[58] επειδή η επικίνδυνη απόφασή του να διχάσει τον στρατό του παρουσία μιας πολύ μεγαλύτερης εχθρικής δύναμης οδήγησε σε μια σημαντική νίκη της Συνομοσπονδίας.Η νίκη, προϊόν του θράσους του Lee και της δειλής λήψης αποφάσεων του Hooker, μετριάστηκε από βαριές απώλειες, συμπεριλαμβανομένου του υποστράτηγου Thomas J. "Stonewall" Jackson.Ο Τζάκσον χτυπήθηκε από φιλικά πυρά, με αποτέλεσμα να ακρωτηριαστεί το αριστερό του χέρι.Πέθανε από πνευμονία οκτώ μέρες αργότερα, μια απώλεια που ο Lee παρομοίασε με την απώλεια του δεξιού του χεριού.