Der dritte General, der für den Kampf gegen die Rebellen verantwortlich war, war Alexius Branas, der seinerseits rebellierte und sich gegen Konstantinopel wandte.Isaac besiegte ihn mit Hilfe eines zweiten Schwagers, Konrad von Montferrat, doch dieser Bürgerkrieg hatte die Aufmerksamkeit der Rebellen abgelenkt und Isaac konnte erst im September 1187 eine neue Armee aussenden. Die Byzantiner erhielten einige kleinere Truppen Siege vor dem Winter, aber die Rebellen behielten mit Hilfe der Kumanen und der Anwendung ihrer Gebirgstaktiken immer noch den Vorteil.Im Frühjahr 1187 griff Isaak die Festung Lowetsch an, konnte sie jedoch nach einer dreimonatigen Belagerung nicht einnehmen.Die Gebiete zwischen dem Haemus Mons und der Donau gingen nun für das Byzantinische Reich verloren, was zur Unterzeichnung eines Waffenstillstands führte, der de facto die Herrschaft der Asen und Peter über das Gebiet anerkannte, was zur Gründung des Zweiten Bulgarischen Reiches führte.Der einzige Trost des Kaisers bestand darin, Asens Frau und einen gewissen John (den späteren Kaloyan von Bulgarien), den Bruder der beiden neuen Führer des bulgarischen Staates , als Geiseln zu halten.