Im Jahr 1489 begannen die christlichen Streitkräfte mit einer schmerzhaft langen Belagerung von Baza, der wichtigsten verbliebenen Festung von al-Zagal.Baza war sehr gut zu verteidigen, da die Christen ihre Armeen aufteilen mussten und die Artillerie dagegen kaum von Nutzen war.Die Versorgung der Armee führte zu einem enormen Budgetdefizit der Kastilier.Gelegentliche Drohungen mit Amtsentzug waren notwendig, um die Armee im Feld zu halten, und Isabella kam persönlich zur Belagerung, um dabei zu helfen, die Moral sowohl der Adligen als auch der Soldaten aufrechtzuerhalten.Nach sechs Monaten ergab sich al-Zagal, obwohl seine Garnison immer noch weitgehend unversehrt war;Er war zu der Überzeugung gelangt, dass es den Christen ernst war, die Belagerung so lange wie möglich aufrechtzuerhalten, und dass weiterer Widerstand ohne die Hoffnung auf Erleichterung, von der es keine Anzeichen gab, nutzlos war.Im Gegensatz zu Málaga wurden Baza großzügige Übergabebedingungen gewährt.