Nach Culloden verbrachten die Regierungstruppen mehrere Wochen damit, nach Rebellen zu suchen, Vieh zu beschlagnahmen und Versammlungshäuser der Episkopalkirche und der Katholiken niederzubrennen.Die Brutalität dieser Maßnahmen beruhte auf der auf beiden Seiten weit verbreiteten Vorstellung, dass eine weitere Landung unmittelbar bevorstehe.Reguläre Soldaten in französischen Diensten wurden unabhängig von ihrer Nationalität wie Kriegsgefangene behandelt und später ausgetauscht, 3.500 gefangene Jakobiten wurden jedoch wegen Hochverrats angeklagt.Davon wurden 120 hingerichtet, hauptsächlich Deserteure und Mitglieder des Manchester-Regiments.Etwa 650 starben, während sie auf ihren Prozess warteten;900 wurden begnadigt und der Rest abtransportiert.