Nach dem Untergang des Inka-Reiches wurden viele Aspekte der Inka-Kultur systematisch zerstört, darunter auch ihr ausgeklügeltes Landwirtschaftssystem, das als vertikales Archipel-Landwirtschaftsmodell bekannt ist.Spanische Kolonialbeamte nutzten das Inka-Mita-Corvée-Arbeitssystem für koloniale Zwecke, manchmal brutal.Ein Mitglied jeder Familie musste in den Gold- und Silberminen arbeiten, die wichtigste davon war die Titanic-Silbermine in Potosí.Wenn ein Familienmitglied starb, was normalerweise innerhalb von ein oder zwei Jahren geschah, musste die Familie einen Ersatz schicken.Noch verheerender waren die Auswirkungen der Pocken auf das Inkareich.Von Kolumbien aus verbreiteten sich die Pocken rasch, bevor die spanischen Invasoren das Reich erreichten.Die Ausbreitung wurde wahrscheinlich durch das effiziente Inka-Straßensystem unterstützt.Pocken waren nur die erste Epidemie.Andere Krankheiten, darunter ein wahrscheinlicher Typhus-Ausbruch im Jahr 1546, Grippe und Pocken im Jahr 1558, erneut Pocken im Jahr 1589, Diphtherie im Jahr 1614 und Masern im Jahr 1618, verwüsteten das Inka-Volk.Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts kam es immer wieder zu Versuchen indigener Anführer, die spanischen Kolonisten zu vertreiben und das Inka-Reich neu zu errichten.