Angesichts der eskalierenden Spannungen und um weitere Konflikte zu verhindern, schlug Malaysias Premierminister Tunku Abdul Rahman 1965 die Ausweisung Singapurs aus Malaysia vor.Diese Empfehlung wurde anschließend am 9. August 1965 vom malaysischen Parlament mit einem einstimmigen Votum für die Abspaltung Singapurs angenommen.Am selben Tag verkündete Singapurs Premierminister Lee Kuan Yew emotional die neu gewonnene Unabhängigkeit des Stadtstaates.Entgegen der landläufigen Meinung, dass Singapur einseitig ausgewiesen wurde, zeigen neuere Dokumente, dass die Gespräche zwischen der People's Action Party (PAP) Singapurs und Malaysias Alliance seit Juli 1964 andauerten. Lee Kuan Yew und Goh Keng Swee, ein hochrangiger PAP-Führer, orchestrierten die Gespräche die Trennung in einer Weise, die sie der Öffentlichkeit als unwiderrufliche Entscheidung präsentierte, mit dem Ziel, sowohl politisch als auch wirtschaftlich davon zu profitieren.^[16]Nach der Trennung wurde Singapur einer Verfassungsänderung unterzogen, die den Stadtstaat in die Republik Singapur überführte.Yusof Ishak, zuvor Yang di-Pertuan Negara oder stellvertretender königlicher Vertreter, wurde als erster Präsident Singapurs vereidigt.Während der malaiische und der britische Borneo-Dollar noch kurze Zeit als gesetzliche Währung galten, fanden vor der endgültigen Einführung des Singapur-Dollars im Jahr 1967 Diskussionen über eine gemeinsame Währung zwischen Singapur und Malaysia statt. ^[17] In Malaysia hatten zuvor die Parlamentssitze Bestand von Singapur wurden nach Malaya umverteilt, was das Macht- und Einflussgleichgewicht der Bundesstaaten Sabah und Sarawak veränderte.Die Entscheidung, Singapur von Malaysia zu trennen, stieß auf heftige Reaktionen, insbesondere bei den Führern in Sabah und Sarawak.Diese Führer äußerten Gefühle des Verrats und ihrer Frustration darüber, dass sie während des Trennungsprozesses nicht konsultiert wurden. Der Ministerpräsident von Sabah, Fuad Stephens, drückte in einem Brief an Lee Kuan Yew seine tiefe Trauer aus, während Führer wie Ong Kee Hui von der Sarawak United Peoples' Party Fragen stellten der eigentliche Grund für die Existenz Malaysias nach der Trennung.Trotz dieser Bedenken verteidigte der stellvertretende malaysische Premierminister Abdul Razak Hussein die Entscheidung und führte die Geheimhaltung und Dringlichkeit des Schrittes auf die anhaltende Konfrontation zwischen Indonesien und Malaysia zurück.^[18]