Die Präsidentschaft von Pervez Musharraf von 1999 bis 2007 markierte das erste Mal, dass liberale Kräfte in Pakistan eine bedeutende Macht innehatten.Initiativen zur wirtschaftlichen Liberalisierung, Privatisierung und Medienfreiheit wurden eingeführt, wobei der Citibank-Manager Shaukat Aziz die Kontrolle über die Wirtschaft übernahm.Musharrafs Regierung gewährte politischen Mitarbeitern liberaler Parteien Amnestie und drängte Konservative und Linke ins Abseits.Musharraf baute die privaten Medien erheblich aus, um dem kulturellen Einfluss Indiens entgegenzuwirken.Der Oberste Gerichtshof ordnete Parlamentswahlen bis Oktober 2002 an und Musharraf befürwortete 2001 die US- Invasion in Afghanistan . Spannungen mit Indien wegen Kaschmir führten 2002 zu einer militärischen Pattsituation.Musharrafs umstrittenes Referendum im Jahr 2002 verlängerte seine Amtszeit als Präsident.Bei den Parlamentswahlen 2002 gewannen Liberale und Zentristen die Mehrheit und bildeten mit Unterstützung Musharrafs eine Regierung.Der 17. Zusatz zur pakistanischen Verfassung legitimierte rückwirkend Musharrafs Handeln und verlängerte seine Präsidentschaft.Shaukat Aziz wurde 2004 Premierminister und konzentrierte sich auf Wirtschaftswachstum, stieß jedoch auf Widerstand für soziale Reformen.Musharraf und Aziz überlebten mehrere Attentate im Zusammenhang mit Al-Qaida.Auf internationaler Ebene wurde ihre Glaubwürdigkeit durch Vorwürfe der nuklearen Proliferation geschädigt.Zu den innenpolitischen Herausforderungen gehörten Konflikte in Stammesgebieten und ein Waffenstillstand mit den Taliban im Jahr 2006, obwohl es weiterhin zu konfessioneller Gewalt kam.