Der letzte Sultan der malakkanischen Dynastie, Sultan Mahmud Schah II., war für sein unberechenbares Verhalten bekannt, das nach dem Tod von Bendehara Habib und der anschließenden Ernennung von Bendahara Abdul Jalil weitgehend unkontrolliert blieb.Dieses Verhalten gipfelte darin, dass der Sultan die Hinrichtung der schwangeren Frau eines Adligen wegen eines geringfügigen Vergehens anordnete.Als Vergeltung wurde der Sultan von dem geschädigten Adligen getötet, wodurch der Thron 1699 vakant blieb. Die Orang Kayas, Berater des Sultans, wandten sich an Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong von Muar, der vorschlug, dass Bendahara Abdul Jalil den Thron erben sollte.Allerdings stieß die Nachfolge insbesondere bei den Orang Laut auf einige Unzufriedenheit.In dieser Zeit der Instabilität sahen zwei dominierende Gruppen in Johor – die Bugis und die Minangkabau – eine Gelegenheit, die Macht auszuüben.Der Minangkabau stellte Raja Kecil vor, einen Prinzen, der behauptete, der posthume Sohn von Sultan Mahmud II. zu sein.Mit dem Versprechen von Reichtum und Macht unterstützten die Bugis zunächst Raja Kecil.Raja Kecil verriet sie jedoch und krönte sich ohne ihre Zustimmung zum Sultan von Johor, was dazu führte, dass der frühere Sultan Abdul Jalil IV. floh und schließlich ermordet wurde.Als Vergeltung schlossen sich die Bugis mit Raja Sulaiman, dem Sohn von Sultan Abdul Jalil IV., zusammen, was 1722 zur Entthronung Raja Kecils führte. Während Raja Sulaiman als Sultan aufstieg, wurde er stark von den Bugis beeinflusst, die praktisch Johor regierten.Während der Herrschaft von Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah Mitte des 18. Jahrhunderts übten die Bugis eine erhebliche Kontrolle über Johors Verwaltung aus.Ihr Einfluss wuchs so stark, dass bis 1760 verschiedene Bugis-Familien in die königliche Linie von Johor einheiraten und so ihre Dominanz weiter festigten.Unter ihrer Führung erlebte Johor ein Wirtschaftswachstum, das durch die Integration chinesischer Händler gefördert wurde.Ende des 18. Jahrhunderts begann jedoch Engkau Muda von der Temenggong-Fraktion, die Macht zurückzuerobern und legte unter der Führung von Temenggong Abdul Rahman und seinen Nachkommen den Grundstein für den zukünftigen Wohlstand des Sultanats.