Als Histiaios vom Fall von Milet hörte, schien er sich selbst zum Anführer des Widerstands gegen Persien ernannt zu haben.Er brach mit seiner Lesbentruppe von Byzanz aus auf und segelte nach Chios.Die Chianer weigerten sich, ihn aufzunehmen, also griff er die Überreste der chianischen Flotte an und zerstörte sie.Die Chianer waren durch die beiden Niederlagen auf See gelähmt und fügten sich dann der Führung von Histiaios.Histiaios versammelte nun eine große Streitmacht aus Ioniern und Äolern und machte sich auf den Weg, um Thasos zu belagern.Dann erhielt er jedoch die Nachricht, dass die persische Flotte von Milet aus aufbrechen würde, um den Rest Ioniens anzugreifen, und so kehrte er schnell nach Lesbos zurück.Um seine Armee zu ernähren, führte er Nahrungssuche-Expeditionen zum Festland in der Nähe von Atarneus und Myus durch.Eine große persische Streitmacht unter Harpagus war in der Gegend und fing schließlich eine Nahrungssuche-Expedition in der Nähe von Malene ab.Die darauffolgende Schlacht war hart umkämpft, wurde jedoch durch einen erfolgreichen persischen Kavallerieangriff beendet, der die griechische Linie in die Flucht schlug.Histiaios selbst ergab sich den Persern und glaubte, er könne sich von Darius zu einer Begnadigung überreden.Stattdessen wurde er jedoch zu Artaphernes gebracht, der ihn im vollen Bewusstsein des früheren Verrats von Histiaeus aufspießte und dann seinen einbalsamierten Kopf an Darius schickte.Die persische Flotte und Armee überwinterten in Milet, bevor sie sich 493 v. Chr. auf den Weg machten, um die letzte Glut des Aufstands endgültig auszulöschen.Sie griffen die Inseln Chios, Lesbos und Tenedos an und eroberten sie.Auf jedem bildeten sie ein „Menschennetz“ aus Truppen und fegten über die gesamte Insel, um versteckte Rebellen aufzuscheuchen.Dann zogen sie zum Festland und eroberten alle verbleibenden Städte Ioniens, wobei sie ebenfalls nach verbliebenen Rebellen Ausschau hielten.Obwohl die Städte Ioniens in der Folgezeit zweifellos in Mitleidenschaft gezogen wurden, scheint keine von ihnen ein vergleichbares Schicksal erlitten zu haben wie Milet.Herodot sagt, dass die Perser aus jeder Stadt die schönsten Jungen auswählten und sie kastrierten, und dass sie die schönsten Mädchen auswählten und sie in den Harem des Königs schickten und dann die Tempel der Städte niederbrannten.Während dies möglicherweise zutrifft, übertreibt Herodot wahrscheinlich auch das Ausmaß der Verwüstung. Innerhalb weniger Jahre hatten sich die Städte mehr oder weniger wieder normalisiert und konnten eine große Flotte für die zweite persische Invasion in Griechenland ausrüsten, nämlich nur 13 Jahre später.Anschließend eroberte die persische Armee die Siedlungen auf der asiatischen Seite des Propontis zurück, während die persische Flotte die europäische Küste des Hellespont hinaufsegelte und nacheinander jede Siedlung einnahm.Nachdem ganz Kleinasien nun wieder fest unter persischer Herrschaft stand, war der Aufstand endgültig vorbei.